樣本提取是實驗關(guān)鍵一環(huán)，沒有好的樣本，一切數(shù)據(jù)就猶如沒有地基的大廈，蓋得越高，傾覆的概率就會越大！所以開展好一個實驗，首先要從評價核酸質(zhì)量是否達(dá)標(biāo)開始，RIN值是樣本檢測中比較重要的...
樣本提取是實驗關(guān)鍵一環(huán)，沒有好的樣本，一切數(shù)據(jù)就猶如沒有地基的大廈，蓋得越高，傾覆的概率就會越大！所以開展好一個實驗，首先要從評價核酸質(zhì)量是否達(dá)標(biāo)開始，RIN值是樣本檢測中比較重要的指標(biāo)，今天就給大家聊聊RIN值！
RIN值簡介
RIN值，即RNA integrity number（RNA完整值），是安捷倫公司開發(fā)的以數(shù)字化形式表示 RNA 完整性的參數(shù)。在高通量測序樣本檢測報告中經(jīng)常出現(xiàn)，用來衡量樣品中抽提的RNA的質(zhì)量；了解RIN值需先了解下28S和18S比值。 28S和18S比值：28s和18s是真核生物RNA（核糖體RNA）的兩個主要亞基，在完整性較好的RNA樣本電泳條帶上應(yīng)是28S在上，18S在下，且亮度為28S是18S的兩倍，理論上未發(fā)生降解的RNA樣本28S/18S比值等于2.0；但在實際取樣提取過程中，RNA可能會發(fā)生各種途徑的降解，體現(xiàn)在電泳條帶上就是28S/18S比值會下降；此前，研究者們已將核糖體比值作為特征值應(yīng)用在生物分析儀軟件中，用來表征凝膠分析中RNA 的完整性。然而，僅通過總RNA的核糖體比值去評估RNA的完整性通常不準(zhǔn)確，而Agilent 2100生物分析儀系統(tǒng)通過顯示RNA片段大小分布的詳細(xì)畫面（下圖），能更好的評估RNA完整性。
注：總RNA樣品經(jīng)過不同時間降解，并且在Agilent 2100生物分析儀系統(tǒng)上使用真核細(xì)胞總RNA Nano分析法分析所得的樣品；隨著降解推進(jìn)，可以觀察到向較短片段大小方向偏移。RNA降解是一個逐漸的過程，隨著降解推進(jìn)，18S/28S核糖體條帶比減小，而兩個核糖體峰和下位內(nèi)標(biāo)之間的基線信號增大（圖1）。RNA完整值（RIN）這一指標(biāo)，就是基于整體電泳圖，將真核生物總RNA質(zhì)量分類，并設(shè)定RIN數(shù)值范圍為1-10，其中1代表降解最嚴(yán)重的情況，10代表最完整。通過這種方式，有助于解釋電泳圖，令樣品之間的比較成為可能，并確保實驗的重復(fù)性。更多詳細(xì)信息參見安捷倫公司的應(yīng)用簡報，鏈接：https://wenku.baidu.com/view/90ab7b29370cba1aa8114431b90d6c85ed3a8887.html。
不同物種RIN形式
動物樣品膠圖上可見目的條帶為28S、18S、5S，植物樣品為25S、18S、5S，昆蟲、軟體動物等是18S、5S，原核生物是23S、16S、5S。
所以不同物種的Agilent 2100 數(shù)據(jù)顯示還是有一點(diǎn)點(diǎn)差別的，差別主要是25S、23S等的區(qū)別。
安捷倫2100結(jié)果怎么看？
理想的電泳圖可以展示以下要素信息：前區(qū)、5S區(qū)、快速區(qū)、中區(qū)、前體區(qū)、后區(qū)以及3個高聳的標(biāo)準(zhǔn)品峰、18S峰、28S峰。
不同降解程度2100圖如下，可以看到樣品降解會在快速區(qū)、5S區(qū)出現(xiàn)波浪狀雜峰，基線上抬等現(xiàn)象：
目前安捷倫2100出的結(jié)果圖如下：比較重要的指標(biāo)小編已經(jīng)在圖中注釋了，看起來應(yīng)該比較直觀。
高通量測序?qū)悠芬蠛芨?，但并不是要求樣品不能有一點(diǎn)降解，一般輕微降解是符合上機(jī)要求的，比如在轉(zhuǎn)錄組測序中，樣品RIN值具體標(biāo)準(zhǔn)如下：動物：RIN≧6.3；植物、真菌：RIN≧5.8，基線平整（軟體等無28s物種）；當(dāng)然，樣品合格與否不僅取決于RIN值，還要結(jié)合其他指標(biāo)綜合判斷。好了，今天RIN值就先介紹到這里，祝您在新的一周里收獲多多！
