莎莎寫于2020.5.1
學(xué)校第一批返校的同學(xué)已經(jīng)解封了，我還在賓館隔離
我今天在這里立個Flag：每天都要寫簡書?
哈哈哈，可能不太現(xiàn)實(shí)，但是至少今天是新的一個月的開始
要好好學(xué)習(xí)！??！
好啦，今天學(xué)習(xí)比對到參考基因組，我們拿到經(jīng)過剪切reads的數(shù)據(jù)之后，就需要比對到參考基因組，這里學(xué)習(xí)兩個軟件：hisat2和subjunc
分析流程
比對
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首先需要構(gòu)建基因組索引，
① 官網(wǎng)構(gòu)建好的索引地址：ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/data/
官網(wǎng)上有的最好下載使用
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② 可以通過hisat2-build構(gòu)建基因組索引
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索引構(gòu)建好之后就可以進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的比對
（1）Hisat2
Hisat2：graph-based alignment of next generation sequencing reads to a population of genomes
Hisat2主要是用來進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的比對。
使用--help查看選項(xiàng)和參數(shù)。
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使用hisat2將reads比對到參考基因組
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下面是批量比對：
hisat2批處理腳本內(nèi)容:
需要兩個輸入文件：索引文件和fastq文件
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MultiQC整理hisat2結(jié)果：
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（2）Subjunc：http://subread.sourceforge.net/
subjunc是subread里面的一個軟件包
第一步依然是構(gòu)建基因組索引
索引文件有5.8G
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第2步是使用subjunc將reads比對到參考基因組
subjunc命令運(yùn)行示例：
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下面是sunbjunc批量比對所有樣本：
subjunc批處理腳本內(nèi)容
和Hisat2是一樣的
最后是用flagstat檢查比對失敗reads
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