最近在做一個(gè)SCENIC 下游的分析，看到了一個(gè)叫CSI（Connection specificity index）的東西，大概的原理就是利用AUC的分?jǐn)?shù)通過(guò)pearson相關(guān)系數(shù)，計(jì)算出regulon之間的關(guān)聯(lián)程度。這個(gè)方法最早于2013年發(fā)表在nature methods 上面
原始文獻(xiàn)：[Nat Methods. 2013 Dec; 10(12): 1169–1176.]
計(jì)算公式如下圖所示，公式：
有人很熱心的做了一個(gè)R包，https://github.com/FloWuenne/scFunctions，一開(kāi)始覺(jué)得真是個(gè)好心人，用了之后我卻想罵人，原因是為什么呢？原因就是，該R包的作者根本就沒(méi)把公式正確的翻譯到包里。卻十分迷惑性的也給計(jì)算結(jié)果取了同樣的名字CSI。
為什么會(huì)發(fā)現(xiàn)這個(gè)問(wèn)題呢？原因是我同時(shí)使用了這個(gè)R包和另外一段Python 代碼，用相同的數(shù)據(jù)進(jìn)行了計(jì)算，結(jié)果發(fā)現(xiàn)很不一樣。對(duì)此我十分迷惑不解，于是就花了一些時(shí)間來(lái)研究到底是為什么。
本來(lái)是不需要明白這個(gè)是怎么算的的，但是為了研究這個(gè)問(wèn)題，花時(shí)間讀了R包代碼和python 的代碼，免費(fèi)的果然是最貴的。結(jié)果發(fā)現(xiàn)這個(gè)R包是個(gè)坑貨。問(wèn)題如下：
問(wèn)題一，正式的公式分子選取的是大于和等于，如上圖，上述R包在計(jì)算時(shí)只選取了大于，忽略了等于部分，也許問(wèn)題不大。
問(wèn)題二，正式公式有個(gè)0.05 的常數(shù)，用以做調(diào)整，R包忽略了這個(gè)常數(shù)。
問(wèn)題三，R包中計(jì)算計(jì)分子部分的節(jié)點(diǎn)數(shù)目的方法就是錯(cuò)的
問(wèn)題四，正式公式最后是用1 減去得到的分?jǐn)?shù)的，R包同樣忽略了。
所以問(wèn)題來(lái)了，用它計(jì)算的出來(lái)的東西還能叫CSI 嗎？我覺(jué)得是不可以的，但是作者就這么叫了，不光這么叫了，以下文章的作者還引用了這個(gè)包，發(fā)了文章了。
以下是用這個(gè)R包發(fā)的文章
1: [https://doi.org/10.14348/molcells.2021.0211]
2: [Clin Transl Med . 2021 Aug;11(8):e500. doi: 10.1002/ctm2.500.]
3: [J Exp Med (2022) 219 (5): e20212414.]
還有另外幾個(gè)就不說(shuō)了。
你說(shuō)說(shuō)，這是叫做什么玩意，R包的作者能不能有點(diǎn)責(zé)任感？如果你不明白，別瞎寫(xiě)害人好不好？如果知道是自己瞎寫(xiě)的，能不能說(shuō)明一下？
調(diào)包俠們能不能用點(diǎn)心？？？在該包的github 上都有人問(wèn)了這個(gè)問(wèn)題了，你的公式用對(duì)了沒(méi)有，作者沒(méi)回答，掉包俠們也看不見(jiàn)？你們是管干什么的？
此外也看出這個(gè)所謂的同行評(píng)審到底是個(gè)什么玩意了吧？什么專家，都是Bullshit，沒(méi)人會(huì)仔細(xì)看到底你做了什么，你只要你號(hào)稱你干了什么就可以了，他們根本沒(méi)本事發(fā)現(xiàn)你到底做沒(méi)做，做對(duì)了沒(méi)有，究其根本原因就是這些個(gè)專家都不是專家，沽名釣譽(yù)之輩而已。倘若你沒(méi)真的修過(guò)車，你覺(jué)得你讀完修車手冊(cè)你就能修車了嗎？
文章作假為什么這么普遍，因?yàn)槟阒灰约耗苓^(guò)心里那一關(guān)，就可以了，除了你自己，沒(méi)真正明白你到底做了什么。
