在上一期文章中，我們介紹了如何在線高效完成蛋白序列比對，并獲得了 .fasta 或 .fa 格式的比對結果文件。本期，我們將通過 ESPript 工具，將這些比對結果轉換成清晰、美觀的圖，讓研究成果輕松達到出版級別。
什么是ESPript？
ESPript (Easy Sequencing in PostScript) 是一個專為學術研究者設計的在線工具，可以將序列比對結果可視化，并結合二級結構信息呈現，為序列相似性分析和發(fā)表提供強大支持。
ESPript 的主要特點包括：
高質量圖表：支持序列比對和二級結構信息結合的可視化，結果清晰直觀。
完全免費：針對科研和教育用途開放，用戶無需安裝軟件，直接在線操作。
支持多種輸入文件：可兼容 Clustal、FASTA、PIR 等常見格式，同時支持導入 PDB 文件標注結構信息。
高分辨率輸出：支持 PDF 和 PNG 格式，方便插入到論文或報告中。
開發(fā)與維護團隊：由法國 CNRS / 里昂大學的 Patrice GOUET 和 Xavier ROBERT 主導開發(fā)，當前版本為 ESPript 3.x。
ESPript 3.x 的官方網站是：https://espript.ibcp.fr/ESPript/ESPript/index.php
美化序列比對結果的詳細步驟
1. 上傳序列比對文件
訪問 ESPript 官網，點擊首頁綠色按鈕 “RUN ESPript”，進入文件上傳界面。
點擊紅框中的 “選擇文件” 按鈕，上傳上次獲得的
T2R41蛋白的多物種序列比對結果文件。
2. 設置比對圖表參數
在設置界面中，按需調整以下參數：
（1）Alignments output layout
設置比對圖的整體風格：
顏色模式：選擇
B&W（黑灰白）配色，經典、專業(yè)，適合正式發(fā)表。字體大小：默認值為
7，如果序列較長，可稍作調整，減小字體大小。列數（Number of columns）：決定每行顯示的氨基酸數量，建議保持默認值，后續(xù)可以根據結果調整。
（2）Alignments output files
-
選項中可以選擇輸出文件格式，這里推薦默認選擇 PDF 格式，方便生成高分辨率PDF文件。
輸出設置
3. 提交任務并生成結果
- 所有選項設置完成后，點擊頁面左上方 “SUBMIT” 按鈕提交繪圖任務：
提交后，頁面會跳轉到結果窗口，可在 “RESULTS” 板塊找到繪圖輸出文件。
4. 下載比對圖表
- 在結果頁面中，點擊 PDF 文件鏈接（如
pdf[15 Kb]），下載比對結果。以下是生成的圖表示例：
結果中，如果某個位置氨基酸在物種間保守是黑色背景，白色字，我們可以看出我們比對的這個蛋白在目前選擇的三個物種間并不是十分保守。
Tips: 如果初次結果顯示序列保守性較低（如上圖白色區(qū)域較多），可以調整比對的物種范圍。例如，在哺乳動物中重新選擇物種后生成的比對結果如下：
可以看到，T2R41蛋白在哺乳動物中深黑色區(qū)域更多，更加保守。
小結
使用 ESPript，可快速將蛋白序列比對結果轉換成出版級別的專業(yè)圖，并通過合理設置進一步優(yōu)化輸出效果。無論是論文發(fā)表還是會議展示，ESPript 都能為您的科研成果提供有力支持。
