miRNA背景知識
miRNA組學，實際上是RNA-Seq的一種，為非常規(guī)轉錄組。
miRNA種類
miRNA、piRNA、rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA、repeat associate sRNA、exon 或 intro降解片段。
其中，miRNA & siRNA & piRNA是研究的熱點
miRBase —— miRNA數(shù)據(jù)庫
miRNA的堿基組成為：AUCG
miRNA ID的命名規(guī)則
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miRNA成熟體簡寫成miR，再根據(jù)其物種名稱，以及被發(fā)現(xiàn)的先后順序加上阿拉伯數(shù)字。
e.g. hsa-miR-122
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高度同源的miRNA在數(shù)字后加上英文小寫字母(a, b, c, …)
e.g. hsa-miR-34a，hsa-miR-34b，hsa-miR-34c等
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通常一個miRNA前體長度大約為70~80nt，很可能兩個臂分別產(chǎn)生miRNA，則繼續(xù)在名稱之后加上-5p/-3p等。
e.g. hsa-miR-122-5p
miRNA綜述
（1）人類 / human
MiRNAs and cancer【這篇文章有點老】
The Role of MicroRNAs in Human Diseases
Deep sequencing of the small RNA transcriptome of normal and malignant human B cells identifies hundreds of novel microRNAs
（2）植物 / plants
Functional diversity of miRNA in plants
Comparison of miRNA Evolution and Function in Plants and Animals
Computational analysis of miRNA targets in plants: current status and challenges
（3）miRNA相關工具
- Evaluation of Bioinformatics Approaches for Next-Generation Sequencing Analysis of microRNAs with a Toxicogenomics Study Design【評價各個miRNA生物信息學分析工具，簡要看給出的表格就好】
miRNA應用
這部分是Jimmy老師給出的關于miRNA實例。
需要注意的是，miRNA與mRNA之間的關聯(lián)也是一條分析方向。
文獻名稱
MicroRNA-17 as a promising diagnostic biomarker of gastric cancer: An investigation combining TCGA, GEO, meta-analysis, and bioinformatics【公共數(shù)據(jù)分析，數(shù)據(jù)量非常大】
Distinct methylation levels of mature microRNAs in gastrointestinal cancers
miRNA芯片介紹
miRNA-Seq，由于其實際上就是RNA-Seq的一種，最終目的都是為了分析表達矩陣。
根據(jù)獲得表達矩陣的方法，可以將miRNA分析分為：
- 基于芯片
- 基于二代測序
miRNA芯片廠商
affymetrix（不對物種進行劃分 —— 探針種類非常多）
agilent（分物種）
illumina
后話
Jimmy老師發(fā)布在b站的視頻，需要GEO數(shù)據(jù)庫挖掘方面的知識，我還沒，但是也可以稍微學學。
