作者，Evil Genius~~~

空轉(zhuǎn)的課上完了已經(jīng)有月余了，但是還是有很多新的問題，所以需要不斷補(bǔ)充，不過大家不要擔(dān)心，新的分析腳本我會(huì)發(fā)到群里，供大家一起學(xué)習(xí)。

這一篇補(bǔ)充分子niche，因?yàn)樵谖恼?a href="http://www.itdecent.cn/p/968ce8824649" target="_blank">10X空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析之細(xì)胞niche分享了細(xì)胞niche的分析方法，但是還是有的學(xué)員問分子niche應(yīng)該如何做，這一篇補(bǔ)充一下，文章的示例圖如下：

學(xué)會(huì)細(xì)胞niche的做法，分子niche應(yīng)該是很簡(jiǎn)單的，實(shí)現(xiàn)的效果如下，根據(jù)需求小部分調(diào)整即可，

我們來實(shí)現(xiàn)一下：

suppressMessages({
  library(Seurat)
  library(compositions)
  library(tidyverse)
  library(clustree)
  library(uwot)
  library(cluster)
  library(RColorBrewer)
})

還是以上課時(shí)的示例數(shù)據(jù)為例，關(guān)于空間轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的harmony整合和單細(xì)胞空間聯(lián)合的分析方法早已經(jīng)教過和分享了，這次就不在重復(fù)這個(gè)過程了，直接從拿到整合和單細(xì)胞空間聯(lián)合后的rds開始。

adata = readRDS('Muscle.spatial.rds')

進(jìn)行數(shù)據(jù)的預(yù)處理

cluster_info <- as.data.frame(adata$seurat_clusters)

colnames(cluster_info) = 'mol_niche'

cluster_info$row_id = rownames(cluster_info)

構(gòu)建分子聚類的細(xì)胞niche