用mega軟件進行進化分析，
最大似然法，boot值設定以前，使用泊松法。
使用iqtree進行進化分析
使用perl腳本提取蛋白質序列過程中，遇到Can't locate Bio/SeqIO.pm in
嘗試重新安裝bioperl無果
嘗試cpan安裝bio/seqIO模塊無果
無意中重啟ubuntu解決問題。
安裝iqtree
conda install iqtree
model finder尋找最優(yōu)模型
iqtree -s 16s_muscle_trim.fas -m MF -nt 2
出現(xiàn)錯誤,序列差異太大，使用muscle對齊序列
muscle in srf_pep_rmw.fa -out srf_pep_rmw_muscle.fa
再次尋找最佳模型得到最佳模型 VT+F+R10
建樹
iqtree -s 16s_muscle_trim.fas -m TIM3+F+R4 -bb 1000 -nt AUTO
- Figtree可視化樹文件
ps：在進行構建進化樹之前可以用pfam數(shù)據(jù)庫鑒定一下提取的蛋白序列文件是否全部是目標蛋白質結構。
