作為長篇小說，全篇分五大部分來寫，這五大塊之間有聯(lián)系有照應(yīng)，環(huán)環(huán)相扣，形成了統(tǒng)一的整體，最后第五章“在天上祈禱”照應(yīng)了開頭寫“回信放在牛奶箱”，形成了故事的回環(huán)往復(fù)。
一
開頭直接寫三個小偷行竊逃出來，誤進(jìn)去了一家廢棄的雜貨鋪，三個人躲在了房間里，卻意外收到了一封諮商信，經(jīng)反復(fù)核實(shí)這是一封來自過去的信——而這間雜貨鋪可以連接過去，穿越時間——信中自稱“月亮兔”的小姐講述了自己的煩惱：同是奧運(yùn)會運(yùn)動員的男朋友患了重病，生命所剩不多，她一方面要進(jìn)行奧運(yùn)訓(xùn)練，一方面要陪男朋友，她陷入了兩難的選擇。出于好奇，這三個小偷站在現(xiàn)在（2012年）的立場回答她的煩惱，讓她果斷放棄參加奧運(yùn)會（因?yàn)閾?jù)她的來信推斷，她所參加的是1980莫斯科奧運(yùn)會，由于日本加入抵制行動，沒有參加）專心陪男朋友，幾次回信勸說，甚至很篤定的讓她一心陪男友，她卻從中有了自己的解釋：這是一種考驗(yàn)，考驗(yàn)她是否真的堅(jiān)持夢想，想到這一點(diǎn)，她認(rèn)識到自己面對壓力時的逃避，選擇了全力參加訓(xùn)練，只有這樣才對得起男朋友的愛，她努力追求夢想的樣子才是她男朋友最大的幸福。雖然最后無果，卻也沒有遺憾。
二
第二部分，講述一個追求音樂夢想的男孩松岡克郎，不顧家里人反對，不愿意繼承漁店，堅(jiān)持追求音樂夢想，由于缺少過人天賦屢屢受挫，在一次孤兒院的演出中為了挽救一個少年喪生火海，死后他的作品《重生》因?yàn)檫@個少年的姐姐的演唱而聲名大震。
這個少年寫信諮商煩惱是在在父親日漸病危之際，他不知道該繼續(xù)追逐音樂夢想還是留下來繼承祖?zhèn)鞯臐O鋪照顧家人，雜貨店回信勸他不要再夢想當(dāng)歌手了，他沒有過人音樂才華，應(yīng)該留下來繼承漁店照顧家里，不要再游手好閑，妄圖用一把吉他闖天下，應(yīng)該面對現(xiàn)實(shí)。面對內(nèi)心的不安和家里的壓力，他妥協(xié)了，卻遭到父親強(qiáng)烈指責(zé)，認(rèn)為他只是權(quán)宜之計(jì)，他對音樂沒有徹底死心，讓他不要放棄自己選擇的路，要做出成績。再次去東京前他收到雜貨店最后一次回信，說他在音樂道路上的努力不會白費(fèi)，有人會因?yàn)樗囊魳返玫骄融H，也預(yù)示了一個悲慘的結(jié)局。
這則故事，在克郎選擇去浪矢雜貨店諮商煩惱路上，碰到了第一則故事里那個“月亮兔”小姐，兩則故事之間有了聯(lián)系，且存在一種平行關(guān)系，都是收到了來自未來的回信。
三
第三則故事講了浪矢雜貨店的主人雄治和兒子貴之的故事，介紹了雜貨店的由來，著重講了一個未婚媽媽的煩惱，她來諮商要不要生下孩子的事：由于她是不易受孕體質(zhì)，之前婚姻失敗，這次好不容易懷上一個已婚男人的孩子，生下來自己無力撫養(yǎng)，不生恐怕再也沒有生孩子的能力，所以寫了這封信解憂。后來在一封感謝信里，是在三十三年后諮商窗口復(fù)活那一天，由川邊綠的女兒寄來的，這封信詳細(xì)回憶了川邊綠那次意外身亡后自己的人生變化，一開始的誤會和怨恨到后來的原諒和愛，她感受到了母親的愛，學(xué)會了珍惜生命。
這封信里提到了孤兒院那次火宅，還有那個演唱克郎作品《重生》的女孩小芹，她當(dāng)上了歌手，而川邊綠的女兒作為孤兒院她的好朋友，成了她經(jīng)紀(jì)人。
這封信聯(lián)結(jié)起了第二則故事漁店音樂人克郎。在雄治兒子貴之去雜貨店拍照那日，見到了那個奧運(yùn)女孩“月亮兔”，與第一則故事也產(chǎn)生了聯(lián)系。
這一整節(jié)故事連貫整部作品的前后，是小說的核心部分。
最后一小節(jié)特別強(qiáng)調(diào)了雄治的遺愿：在自己死后的三十三年后忌日那天，宣布諮商窗口復(fù)活一日。他想知道這些接受諮商的人以后的人生到底發(fā)生了怎樣的變化，他預(yù)知到他可以收到這些來自未來的信（在他從醫(yī)院回到雜貨鋪那天果真收到了三十三后寄來的信），只要他的后代履行這一約定——事實(shí)是貴之的孫子駿吾在那天發(fā)布了這條通告。
四
第四則故事以披頭士樂隊(duì)為線索，講了一個喜歡披頭士的少年浩介在家庭欠下巨債，全家打算跑路時失去了對家人的信心，離開了父母，后來去了孤兒院，成為了一名木雕師的故事。
故事開頭是在一間披頭士主題酒吧里，年近五十的浩介回憶起自己四十年前發(fā)生的事，跑路前一晚他去雜貨店諮商煩惱，不知道要不要和父母去跑路，最后卻并沒有聽從浪矢爺爺?shù)囊庖姟嘈拍愕母改?，一家人呆在一起才能突破難關(guān)，只因他對父母已失去了信心，正如他喜歡的披頭四最終也解散了，它感受到人心之間聯(lián)結(jié)的脆弱。
在和酒吧媽媽桑聊天中，他得知這間酒吧的老板正是當(dāng)年他轉(zhuǎn)手披頭士唱片的那個同學(xué)（他在跑路前一天將自己收藏的所有披頭四唱片轉(zhuǎn)賣掉了），媽媽桑是他的妹妹，從她口里得知，當(dāng)年自己離開后，爸媽選擇了自殺，為了保全他，讓他可以好好活下去。那一刻他心里很難受，他今天的幸福生活是父母的犧牲得來的。在諮商窗口復(fù)活，他寫給雜貨店的感恩信里，他沒有實(shí)話實(shí)說，為了讓天堂的爺爺安心，他說一家人過得很好，正如雄治兒子貴之在那晚收到來自未來的信里看到的：之前那個跑路少年說他選擇了跟父母在一起一家人過得很好，其實(shí)那個少年就是他。
這一則故事其中有一節(jié)交代了孤兒院〈丸光園〉火宅，呼應(yīng)了第二則故事，同時為第五則故事作了鋪墊，同在孤兒院長大的一個叫晴美的女人因?yàn)殡s貨店的幫助改變了自己的命運(yùn)。
五
第五則故事又回到了開頭那三個小偷，巧的是這三個小偷也是在孤兒院長大，他們在回復(fù)了奧運(yùn)女孩和魚店音樂人克郎的諮商信后，準(zhǔn)備商量離開時又收到了一位年輕女孩“迷茫的汪汪”寄來的信。
信里細(xì)說了她此前的煩惱，面對生活的壓迫，她糾結(jié)要不要放棄辦公室粉領(lǐng)的工作，一心去做酒女郎的工作，信里講述了她想報答姨婆的撫養(yǎng)之恩，由于姨婆家經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)越來越重，她想去做酒店女，夢想開一家自己的酒店。幾次通信，對于這個女孩的同情，來自未來的三個小偷按照日本經(jīng)濟(jì)未來發(fā)展的變化指導(dǎo)她發(fā)家致富之道，叫她投資不動產(chǎn)和證券交易，后來她依照這些指導(dǎo)積累了財富成了富人，而這三個小偷正是從她的一套房子里闖空門逃出來逃到了這間雜貨鋪，又解答了她過去三十年的煩惱并使她創(chuàng)富成功，這是一個時空扭曲的矛盾循環(huán)。
這則故事里特別提到了第一則故事里那個奧運(yùn)女孩〈月亮兔〉，她叫靜子，是晴美的鄰居，與開頭聯(lián)系起來。還提到了孤兒院〈丸光園〉那場火災(zāi)，火災(zāi)里失去生命的那個音樂人，以孤兒院為線索，將這些故事串聯(lián)起來。在晴美回去探望孤兒院時，認(rèn)識了現(xiàn)在的院長皆月，回憶起了院長的姐姐曉子——孤兒院的創(chuàng)始人，也談起了姐姐的一生，包括年輕時候那場愛情，和機(jī)械工浪矢戀愛由于家里反對，私奔那天曉子沒有出現(xiàn)，三年后的一天曉子收到了浪矢寄來的道歉信，希望她不要自責(zé)，并為自己的行為道歉。想必是這封信，她愛著這個男人，在他生活的這一帶建起了這所孤兒院，并把自己的一生奉獻(xiàn)給孤兒教育事業(yè)，終生未婚。一邊是孤兒院，一邊是雜貨店，這兩者之間有千絲萬縷的聯(lián)系，從孤兒院〈丸光園〉出來的孩子都曾寫信到〈浪矢雜貨店〉諮商過煩惱，因?yàn)槔耸笭敔數(shù)慕獯皤@得了生活的啟發(fā)，或許是冥冥之中自有愛，是皆月和浪矢的愛情冥冥之中使孤兒院和雜貨店緊緊聯(lián)系在一起，經(jīng)歷三十年時光未曾失散。
故事的結(jié)尾呼應(yīng)了開頭，是三個小偷闖入晴美的家里行竊，拿走了她的手袋，里面有一封信，從這封她寫給雜貨店的感謝信里得知她叫武藤晴美，就是之前諮商過煩惱的酒店女，他們?nèi)齻€改變了她的命運(yùn)，反過來在一天前又竊取了她的錢，這或許就是冥冥安排，對他們善意的回報，因?yàn)檫@封信他們意識到自己的錯誤，決定去自首，選擇重新做人。對那封寄到過去的空白信，浪矢雄治答到這是沒有地圖的意思，意在三個走投無路的人，可以自由決定自己的人生，他們的人生擁有無限可能。收到這封信對他們內(nèi)心煥發(fā)出無限的光芒和自信，從他們?nèi)齻€人發(fā)亮的雙眼可以看出。
我相信這三個小偷憑借自己的努力一樣可以擁有光明的前途。
整部小說構(gòu)思離奇，以雜貨店和孤兒院為基點(diǎn)，六則故事（奧運(yùn)女孩靜子，漁店音樂人克郎，未婚媽媽川邊綠，喜歡披頭四音樂的浩介，酒店女晴美，三個小偷）穿插環(huán)繞，你中有我，我中有你，環(huán)環(huán)緊扣，鋪陳呼應(yīng)緊密，圍繞雜貨店這家時光機(jī)穿越時空聯(lián)系在一起，人物設(shè)置上，彼此之間關(guān)聯(lián)緊密，形成一個攻不可破人物關(guān)系網(wǎng)，最大的懸念是以三十年時空跨越來構(gòu)思整體，令人深思，進(jìn)而引發(fā)對人生的哲思。
