倉(cāng)庫(kù)地址：https://gitee.com/shawnmagic/OneStepWGCNA
水平太辣雞?_?就不放gayhub了...

之前把WGCNA分析模塊化過(guò)一次，『代碼記錄』WGCNA篇。今年又跑了幾個(gè)數(shù)據(jù)，然后測(cè)試了下各種標(biāo)準(zhǔn)化輸入數(shù)據(jù)的方法，最后花了幾天時(shí)間還是用R寫了個(gè)小腳本，實(shí)現(xiàn)了一鍵WGCNA。

代碼完善記錄
Oct 30, 2020 修復(fù)sft中MAD值過(guò)濾問(wèn)題，以及后面gsg過(guò)濾時(shí)變量名錯(cuò)誤。

改動(dòng)的核心為以下內(nèi)容：

• 去掉了樣品PCA，熱圖的內(nèi)容。
• 把readcount標(biāo)準(zhǔn)化的方法從logcpm改成了varianceStabilizingTransformation
• 增加了中間變量的輸出，后續(xù)可以方便的用不同的表型數(shù)據(jù)去做trait-module相關(guān)性熱圖
• 對(duì)于我做的物種陸地棉（參考基因組： 中棉所（CAAS-CRI）TM-1V2）的富集分析，富集分析軟件用了TBtools。

文件結(jié)構(gòu)

$ tree 
.
└── 01.OneStepWGCNA
    ├── 01.Rscript
    │   ├── 11.01.PCAandHeatmap.R
    │   ├── 11.02.WGCNA.SFT.R
    │   ├── 11.03.WGCNA.module.R
    │   ├── 11.04.WGCNA.moduleTrait.R
    │   ├── 11.05.WGCNA.HubGene.R
    │   ├── 11.06.heatmap.R
    │   ├── 11.06.heatmapFPKM.R
    │   ├── 11.07.WGCNA.Cytoscape.R
    │   ├── 11.08.OneStepWGCNA.R
    │   ├── 11.09.OneStepWGCNA.R
    │   ├── 11.10.ModuleTrait.R
    │   ├── 11.11.WGCNA.split.Gene.R
    │   ├── 11.WGCNA.RScript.R
    │   ├── alias.sh
    │   ├── go.R
    │   └── kegg.R
    ├── 02.TBtools
    │   ├── 11.10.OneStepEnrichment.sh
    │   ├── CRI.TM1.V2.TBtools.gene2go
    │   ├── CRI.TM1.V2.TBtools.gene2go_ParsedAllGO.xls
    │   ├── CRI.TM1.V2TBtools.gene2ko
    │   ├── TBtools.Plants.KEGG.Backend
    │   ├── TBtools_JRE1.6.jar
    │   ├── alias.sh
    │   └── go-basic.obo
    ├── README.en.md
    ├── README.md
    └── init.sh

解讀

最近沒(méi)空寫，先參照倉(cāng)庫(kù)下的readme做吧，以后有空會(huì)把腳本結(jié)構(gòu)和作用寫個(gè)說(shuō)明。豐富下步驟
還是那句話，OneStep的東西，粗略看下還行，要是像真的做好一個(gè)WGCNA，最好把manual和FAQ讀一下。
未完待續(xù)....