基礎(chǔ)知識：

• perl-app-cpanminus 和 cpan 都是用于管理 Perl 模塊的工具，它們可以從 CPAN 上下載、安裝、升級和刪除 Perl 模塊。

• perl-app-cpanminus 是 cpan 的一個替代工具，更加輕巧簡單，并提供了一些附加功能。

• perlbrew 是用于管理多個 Perl 版本的工具，可以方便地在同一系統(tǒng)上安裝和使用不同版本的 Perl。

• bioperl 是一個用 Perl 編寫的生物信息學(xué)工具集，提供了許多處理生物信息學(xué)數(shù)據(jù)的模塊和腳本。它可以與 cpan 或 perl-app-cpanminus 配合使用來安裝和管理 Perl 模塊

ncbi上的參考基因組注釋文件有g(shù)ff，gtf以及gbff等格式，而一般的生信軟件使用的是gff和gtf格式參考注釋文件，所以這時候遇到gbff參考基因組的文件確實頭大

gbff轉(zhuǎn)gff或gtf格式最常用的是使用bp_genbank2gff3.pl腳本（一個perl腳本），想要成功運行那就得在linux上配置perl環(huán)境，而Bio::Root::RootI是運行bp_genbank2gff3.pl腳本必不可少的perl模塊

出于時間成本考慮所以就不用源碼進行編譯了，直接conda開干

 mamba install -c bioconda perl-bioperl
 #安裝bioperl
 #或者也可以安裝perl-app-cpanminus
 mamba install -c conda-forge perl-app-cpanminu
之后就可以使用cpan進行下載和安裝perl模塊了

sudo cpan install Bio::Root::Root
#記住一點要加sudo，給管理者權(quán)限，不然一些包打死裝不上（親測）
#注意是cpan，有些教程里面會用的是cpanm，這玩意有時候也老是報錯

然后就可以看到安裝開始了
之后完美運行bp_genbank2gff3.pl腳本（兩千多行的代碼，確實牛逼）

不過轉(zhuǎn)換之后的GFF文件還是用不了，這個問題還是有點頭大，后面有問題再解決

參考資料：

1 Can‘t locate Bio/SeqIO.pm in @INC問題極簡解決_can't locate bio/seqio.pm in @inc (you may need to_wyh0908的博客-CSDN博客

2 Linux/MacOS下安裝BioPerl_use bio::root::rooti_烽洋的博客-CSDN博客

[3]gbff 格式注釋文件轉(zhuǎn)換成gff3注釋文件格式 - 組學(xué)大講堂問答社區(qū) (omicsclass.com)