在蘋果操作系統(tǒng)上，我們可以從App Store下載各種軟件。Linux操作系統(tǒng)有沒(méi)有一個(gè)類似于App Store的平臺(tái)，可以使我們非常方便的下載各種軟件，而不用考慮各種依賴包的問(wèn)題呢？答案當(dāng)然是肯定的，就是我們今天要介紹的Bioconda。
要介紹Bioconda首先得介紹一下Anaconda：
Anaconda指的是一個(gè)開源的Python發(fā)行版本，而Bioconda是Anaconda中專門用來(lái)管理生物信息學(xué)相關(guān)軟件的channel。目前，Bioconda已經(jīng)支持安裝2700多種生物信息學(xué)相關(guān)的包。
Bioconda的主頁(yè)
1.安裝conda
要使用Bioconda，必須先安裝conda，有兩個(gè)版本可供我們選擇：miniconda和anaconda。miniconda的體積較小，但是能滿足正常的生物信息學(xué)使用，如果你的網(wǎng)速較慢或者硬盤空間較小，可以優(yōu)先選擇此版本。進(jìn)入miniconda的下載頁(yè)面，選擇合適的版本進(jìn)行下載和安裝，此處以Python3.6版本為例：
# cd進(jìn)入你的軟件安裝目錄
cd /mnt/h/Workspace/Biosoft/
# 下載miniconda安裝包
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 安裝miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安裝完成后，重新登錄或者source ~/.bashr,并將conda添加到環(huán)境變量PATH。
2.配置Chanels
在conda的迷人配置中，并不包含生物信息學(xué)軟件源，所以需要把生物信息學(xué)相關(guān)的chanels添加到conda中：
conda config --add channels r
conda config --add channels defaults
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels bioconda
3.添加國(guó)內(nèi)源，解決下載慢的問(wèn)題
Bioconda默認(rèn)的chanel都在國(guó)外，下載軟件非常緩慢，我們可以添加國(guó)內(nèi)的chanel，以提高下載速度：
conda config —add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config —add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config —add channels https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
4.使用bioconda管理生物信息學(xué)軟件
# 此處以軟件bwa為例
# 安裝bwa，默認(rèn)安裝最新版本
conda install bwa
# 查找bwa的所有版本
conda search bwa
# 安裝特定版本的bwa
conda install bwa=0.7.12
# 查看conda中已經(jīng)安裝過(guò)的軟件
conda list
# 升級(jí)軟件
conda update bwa
# 卸載軟件
conda remove bwa 或者
conda unistall bwa
