1 壓縮gromacs的trr軌跡文件
#因為trr格式的軌跡文件包含軌跡 坐標x, 速度v和力f的信息(二進制, 全精度, 可移植)，因此占用內(nèi)存較大。我們把trr格式軌跡壓縮成只含坐標x信息的xtc格式可大大減少內(nèi)存。
gmx trjconv -f md_0_1.trr -s md_0_1.tpr -o md_0_1.xtc -pbc nojump -ur compact -center
兩次選擇 0
2 導(dǎo)入軌跡文件至VMD
打開window下的VMD軟件，打開命令行面板（VMD|Extensions|TK Console)將軌跡.pro文件和軌跡.xtc文件導(dǎo)入
首先要切換工作路徑（工作路徑中不能出現(xiàn)中文和空格，斜杠為雙斜杠\\或者反斜杠/）
cd E:\\molecular_docking\\gromacs_chainCD_2
vmd?md_0_1.gro?md_0_1.xtc
3 調(diào)整軌跡顯示方式
A：去掉坐標系?VMD|Display|Axes|off
B：將背景改為白色?VMD|Graphics|Colors|Display|Background|8white
C：改變圖形的展示方式?VMD|Graphics|Representations
?Coloring Method選項——選擇著色的方式? 我們這里選擇ResType(殘基類型）
?Drawing Method選項——選擇結(jié)構(gòu)呈現(xiàn)的方式? 我們這里選擇Ribbon
?Graphics|Representations|Trajectory?面板中調(diào)節(jié)Trajectory Smoothing Windows Sizes?可以調(diào)節(jié)殘基運動快慢 我們這里設(shè)置為15
D：VMD|Display light0 light1 light2 light3選項可以調(diào)節(jié)結(jié)構(gòu)顯示的亮度
E：VMD|Display|Rendermode|GLSL
4 對齊軌跡中的蛋白分子
A: 選VMD|mouse|move|molecule，可以移動分子，然后按住shift拖動分子調(diào)整分子與坐標軸的相對朝向，以使得繞著坐標軸的某個軸轉(zhuǎn)動時可以把感興趣的區(qū)域顯示出來。B:?VMD|extension|analysis|RMSD trajectory tool，直接點Align，這樣后續(xù)的幀中的結(jié)構(gòu)就都向著最初幀的分子朝向?qū)R了
最終調(diào)節(jié)出來的樣子：
5 制作movie
A：在空間充足的盤中新建一個文件夾用來存放之后制作動畫的截圖
B：打開制作動畫的操作面板（VMD|Extensions|Visualization|Movie Maker）
Movie settings選擇Trajectory
Format選擇MPEG-1或者AVI
setting working directory?選定你要存放截圖的目錄
?C：點擊Make Movie即可,在指定的目錄下產(chǎn)生許多*.bmp文件
#VMD是將視頻一幀一楨形成圖片格式輸出，然后再在另一個軟件VideoMach中組成動畫，因此圖片就是做動畫的來源，既然圖片選擇snapshot（快照），那也就是說必須將動畫置于窗口，而不能最小化，否則相當(dāng)于無法截屏。窗口大小則決定了截圖的大小
6 利用VideoMach制作動畫
A：?打開VideoMach軟件
B：導(dǎo)入之前保存的截圖 （File|Open Media Files）
選擇之前保存截圖的路徑——選擇第一幀圖像 *.00001.bmp——“open entire sequence starting with the image”打開這個路徑下一系列的文件
C：保存動畫file|save as選擇保存路徑和保存格式，格式一般選擇wmv和AVI。
參考：
科研筆記4：如何用VMD將軌跡文件制作動畫? <http://blog.sina.com.cn/s/blog_63f794950101dtte.html>?
使用VMD制作Movie? ? <https://wenku.baidu.com/view/c51f753b192e45361066f557.html>?
制作VMD動畫（中文版）/Pymol 動畫
<http://kangsgo.com/239.html>
