SMART-SEQ2特點(diǎn)：基因數(shù)量還行，細(xì)胞數(shù)量不太多。

這里是佳奧！讓我們開始吧！

從下載文章數(shù)據(jù)開始。SRA是測(cè)序數(shù)據(jù)下載，Supplementary file是表達(dá)矩陣。

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111229

QQ截圖20220830162920.png

QQ截圖20220830163038.png

課程只對(duì)以下數(shù)據(jù)進(jìn)行上游分析：

SRR6791441
SRR6791442
SRR6791443
SRR6791444
SRR6791445
SRR6791446
SRR6791447
SRR6791448

##從創(chuàng)建環(huán)境開始
conda create -n scrna

##添加到環(huán)境
export PATH="$PATH:/home/kaoku/biosoft/sratoolkit/sratoolkit.3.0.0-ubuntu64/bin"

##建立srr.list并下載（下載目錄ncbi/sra）
$ cat srr.list
SRR6791441
SRR6791442
SRR6791443
SRR6791444
SRR6791445
SRR6791446
SRR6791447
SRR6791448

cat srr.list | while read id; do ( prefetch $id & ); done

##數(shù)據(jù)下載完成
SRR6791441.sra  SRR6791442.sra  SRR6791443.sra  SRR6791444.sra  SRR6791445.sra  SRR6791446.sra  SRR6791447.sra  SRR6791448.sra  srr.list

##下載軟件
conda install -y -c bioconda fastqc multiqc trim-galore subread hisat2

##SRR轉(zhuǎn)fastq文件（單端測(cè)序），并新建raw_fq目錄
ls /home/kaoku/project/scRNA/srr/*.sra |
while read id 
do
fastq-dump -O ./ --gzip --split-3 $id &
done

##hisat2比對(duì)（mm10參考基因組）
index=/home/jianmingzeng/ reference/index/hisat/mm10/genome
ls raw_fq/*.gz |
while read id
do
hisat2 -p 10 -x $index -U $id -S ${id%%.*}.hisat.sam
done

##.sam轉(zhuǎn).bam
ls *.sam | while read id ; do (samtools sort -0 bam -@ 5 -o $(basename ${id} " .sam").bam ${id}); done

##構(gòu)建index
ls *.bam | xargs -i samtools index {}

##count計(jì)數(shù)（需要.gtf文件）
gtf=/home/jianmingzeng/reference/gtf/gencode/gencode.vM12.annotation.gtf

featureCounts -T 5 -t exon -g gene_id -a $gtf -o all.id.txt *.bam 1>counts.id.1og 2>&1 &

##生成表達(dá)矩陣all.id.txt 與GEO數(shù)據(jù)庫(kù)中的rawCounts結(jié)果相似

后續(xù)的分析我們就從解讀作者提供的表達(dá)矩陣開始。

我們下一篇再見！