所有使用數(shù)百萬個(gè)細(xì)胞群的方法的一個(gè)主要局限性是，它們產(chǎn)生的數(shù)據(jù)始終是群體中每個(gè)單個(gè)細(xì)胞中發(fā)生的事情的平均值，這平均了樣本中可能存在的細(xì)胞間變異性，因此可能會(huì)消除對(duì)亞群中有趣現(xiàn)象進(jìn)行觀察的能力。當(dāng)涉及到腫瘤異質(zhì)性或發(fā)育過程等問題時(shí)，這種變異性通常是生物學(xué)的一個(gè)重要特征。ATAC-Seq方法的最初發(fā)明者Jason Buenrostro及其同事著手通過調(diào)整ATAC-Seq協(xié)議使其與單細(xì)胞分析兼容來改進(jìn)ATAC-Seq，并發(fā)表在《自然》雜志上。

他們最初的實(shí)驗(yàn)使用Fluidigm C1的微流體平臺(tái)來幫助他們研究單細(xì)胞，但如今許多單細(xì)胞ATAC-Seq（scATAC-Seq）方案使用10X Genomics平臺(tái)。分離單細(xì)胞后，用 Tn5 轉(zhuǎn)座酶標(biāo)記它們，并使用細(xì)胞識(shí)別條形碼引物通過 PCR 擴(kuò)增文庫。在匯集這些庫后，可以像往常一樣對(duì)它們進(jìn)行測序。

總之，這種方法改進(jìn)了ATAC-Seq，使研究人員能夠在單細(xì)胞水平上研究許多樣本類型的生物學(xué)變異，這將導(dǎo)致對(duì)細(xì)胞異質(zhì)性的分子基礎(chǔ)有更深入的了解。

基礎(chǔ)知識(shí)

1.細(xì)胞核：

2.染色體：

染色體結(jié)構(gòu)

3.核小體：DNA和組蛋白形成的染色質(zhì)基本結(jié)構(gòu)單位。

核小體結(jié)構(gòu).png

4.組蛋白：
5.細(xì)胞核：
6.細(xì)胞固定及透化：
7.開放染色質(zhì)：
8.Tn5轉(zhuǎn)座酶:
9.ATAC-seq:

ATAC-seq原理