安裝時(shí)間：2021.2.10
1. conda簡(jiǎn)介
????conda是一個(gè)開源的軟件包管理系統(tǒng)和環(huán)境管理系統(tǒng)，主要解決了軟件在安裝過(guò)程中需要的依賴包和環(huán)境的問(wèn)題。conda分為anaconda和miniconda。前者安裝包較大，包含了較多默認(rèn)安裝包，而miniconda屬于精簡(jiǎn)版本，可根據(jù)自己需要安裝軟件，推薦安裝miniconda。
什么是bioconda?
????在安裝好miniconda之后，添加相應(yīng)的生物信息軟件相關(guān)的源之后，就是bioconda了。換言之，bioconda就是一種生物定制版本的conda。
2. bioconda的安裝
2.1 下載安裝miniconda
第一步：下載miniconda
wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
第二步：運(yùn)行腳本
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
第三步：一直yes或者回車就可以了
第四步：刷新配置后，就進(jìn)入conda環(huán)境了
source ~/.bashrc
2.2 添加頻道channels
2.2.1 常用的源
????添加頻道就是添加下載的站點(diǎn)，可以根據(jù)需要選擇以下的任意一個(gè)即可：
- 官方源（網(wǎng)速較慢不推薦）
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
- 清華鏡像源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
- 北外鏡像源
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
- 中科大鏡像源
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.ustc.edu.cn/anaconda/cloud/menpo/
conda config --set show_channel_urls yes
2.2.2 關(guān)于源的一些操作
- 顯示安裝的頻道
conda config --set show_channel_urls yes
- 查看安裝的頻道
conda config --get channels
- 刪除某個(gè)頻道
conda config --remove channels https://www.idiap.ch/software/bob/conda
3. 利用conda安裝軟件
3.1 常規(guī)使用（以blast為例）
- 搜索可安裝版的版本
conda search blast
- 直接安裝
conda install -y blast #默認(rèn)安裝最高版本
加上
-y選項(xiàng)可以直接進(jìn)行安裝而不用詢問(wèn)
- 升級(jí)軟件
conda updata blast
- 查看當(dāng)前環(huán)境安裝的所有軟件
conda list
- 刪除軟件
conda remove blast
3.2 創(chuàng)建新環(huán)境安裝軟件
必要性：不同的軟件對(duì)python的版本要求不同，創(chuàng)建新環(huán)境之后避免了軟件依賴包間的沖突造成的軟件安裝失敗
- 查看所有的環(huán)境
conda env list
- 創(chuàng)建一個(gè)python2的環(huán)境
conda create -y -n python2 python=2
-n指定新環(huán)境名稱，-y跳過(guò)詢問(wèn)安裝過(guò)程
- 進(jìn)入/退出python2環(huán)境
conda activate python2
conda deactivate python2
- 刪除環(huán)境
conda remove -n python2 --all
4. 提升安裝軟件速度的方法
4.1 添加較快的源，同時(shí)提升網(wǎng)速
4.2 在conda環(huán)境中下載mamba
conda install mamba -c conda-forge
下載之后，使用時(shí)直接用mamba替代conda即可（據(jù)說(shuō)會(huì)快一些，但我沒(méi)試過(guò)。。。）
-c指定下載的源
5. conda問(wèn)題集錦
問(wèn)題一：創(chuàng)建新的環(huán)境時(shí)出現(xiàn)：Segmentation fault (core dumped)
- 原因：之前有安裝過(guò)軟件，但是并沒(méi)有成功，存在殘余的安裝包
- 解決辦法：打開miniconda中的文件【pkg】，刪除下載的壓縮包即可
