基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析(二)

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基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析(一)
基因家族分析 | 番茄Nramp基因家族分析(二)

通過上一部分的分析得到了以下數(shù)據(jù):

id.txt
Nramp_cds.fasta
nramp_protein.fasta
gene.bed
gene_seq.fasta

接下來利用獲得的這些數(shù)據(jù)進(jìn)行可視化


1.motif分析
meme: http://meme-suite.org/tools/meme;方法參見 MEME在線網(wǎng)站查找motif步驟

meme得到的motif結(jié)果

下載xml文件(meme和mast兩個結(jié)果),放到TBtools中去,結(jié)果漂亮一些

nramp_protein_meme.xml
nramp_protein_mast.xml

TBtools得到的結(jié)果

2.基因結(jié)構(gòu),同樣適用TBtools



基因結(jié)構(gòu)

3.構(gòu)樹



TBtools合并以上三個分析:




參考:
01 MEME在線網(wǎng)站查找motif步驟
02 [軟件使用] 使用TBtools重新繪制MEME motif圖http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=2312&highlight=MEME
03 TBtools基因家族分析詳細(xì)教程(2)基因家族成員的基本分析

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