利用最大似然法構(gòu)建水稻蛋白系統(tǒng)進(jìn)化樹

1 蛋白序列獲取

在MSU上檢索蛋白序列，最終檢索獲取到770條蛋白序列。

2 多序列比對

利用CLUSTALW 2.1軟件（Higgins DG等,2007），使用默認(rèn)參數(shù)，對770條蛋白序列進(jìn)行多序列比對。

3 構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹

利用IQ-TREE 1.6.12構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹。使用最大似然法（Maximum Likelihood，ML），設(shè)置自動測試546種替換模型，最終選用最優(yōu)替換模型JTT+R10，bootstrap重復(fù)1000次。

4 繪制系統(tǒng)進(jìn)化樹

利用iTOL 5.4（Ivica Letunic等，2006），繪制系統(tǒng)進(jìn)化樹，刪除bootstrap value低于70的分枝。

5 檢驗(yàn)

參考Guo-Liang Wang（2011）、Hong-Wei Xue（2012）、Narendra Tuteja（2012）、Ki-Hong Jung（2014）等發(fā)表的關(guān)于某蛋白的文章，將770條蛋白系統(tǒng)進(jìn)化樹與文獻(xiàn)中的系統(tǒng)進(jìn)化樹進(jìn)行比較，結(jié)果基本一致。