安裝mamba 以及打包并遷移環(huán)境

1. 創(chuàng)建文件夾

mkdir mamba

2.下降mamba文件

curl -L https://micro.mamba.pm/api/micromamba/linux-64/latest -o micromamba.tar.bz2

3. 解壓

tar -xvjf micromamba.tar.bz2

4.配置環(huán)境變量

 ./micromamba shell init -s bash -p /public/home/ypyue/mamba/
or 
./micromamba shell init -s bash -p /public/home/ypyue/mamba/bin/

source  .bashrc

5. 設(shè)置源,將以下內(nèi)容保存到~/.mambarc 即可。

channels:
- defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
 - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
 conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
 msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
 bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
 menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
 pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
 pytorch-lts: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
 simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud


補加兩個channel: 
micromamba config append channels conda-forge
micromamba config append channels bioconda

創(chuàng)建環(huán)境 python=2.7 并安裝軟件

micromamba create -n ChIP-seq  python=2.7
micromamba activate mamba/envs/ChIP-seq/
 micromamba  install fastp


打包conda環(huán)境

1. 用 conda-pack 打包環(huán)境 (pack 命令可以pip安裝)

conda pack -n R3.5  -o  R35.1.tar.gz

2. 解壓環(huán)境

在env 目錄下創(chuàng)建一個目錄(直接mkdir創(chuàng)建不需要micromamba or conda 創(chuàng)建環(huán)境),解壓這個打包的環(huán)境到一個指定的目錄:

mkdir R3.5  
tar -xzvf ../../R35.1.tar.gz -C ./R3.5/

(R3.5) (base) [ypyue@login02 envs]$ ls
R3.5

3. 設(shè)置環(huán)境變量

在解壓后的環(huán)境中,運行 conda-unpack 來修正路徑:

pwd 
/public/home/ypyue/mamba/envs  #找出完整路徑

source /public/home/ypyue/mamba/envs/R3.5/bin/activate #激活環(huán)境
conda-unpack #修正路徑 非常重要不然報錯。
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