以下列數(shù)據(jù)為例子，需要count矩陣并包含基因長度、
（沒有的話從gtf提取，前面我寫過教程）
count矩陣示例.png
count矩陣讀入
count <- read.table('count.txt',header = T,sep = '\t',row.names = 1)
#提取基因長度信息/1000
kb <- count$Length/1000
#count表處理為僅含樣本的表，去掉基因位置長度信息
count <- count[,-c(1:5)]
count處理后示例.png
count to TPM
library(dplyr)
-------------------------get TPM--------------------------------
rpk <- count/ kb
tpm <- t(t(rpk)/colSums(rpk) * 1000000)
tpm <- round(tpm,2) %>% as.data.frame()
count to FPKM
-------------------------get FPKM--------------------------------
fpkm <- t(t(rpk)/colSums(count) * 10^6)
fpkm <- round(fpkm,2) %>% as.data.frame()
FPKM to TPM
-------------------------FPKM to TPM--------------------------------
fpkm_to_tpm <- t(t(fpkm)/colSums(fpkm) * 10^6)
fpkm_to_tpm <- round(fpkm_to_tpm,2) %>% as.data.frame()
