image.png

image.png

image.png

182  conda activate chipseq
 183  history | grep prefetch
 184  which prefetch
 185  prefetch -h
 186  mkdir chipseq
 187  cd chipseq/
 188  mkdir {sra,raw,clean,align,peaks,motif,qc}
 189  vim
 190  vim acc.txt
 191  cat acc.txt
 192  prefetch --option-file acc.txt 
 193  nohup prefetch --option-file acc.txt -O ./sra &
 194  cd sra
 195  ls
 196  cd ..
 197  cat nohup.out 
 198  cd sra
 199  ls
 200  lsls
 201  ls
 202  cat nohup.out 
 203  cat ../nohup.out 
 204  history
 205  history | grep prefetch
 206  ls
 207  cd ../
 208  ls
 209  cat nohup.out 
 210  cat acc.txt 
 211  prefetch SRR391032 -O ./sra
 212  cd ../../

image.png

image.png

ps-ef 命令：
一、基礎(chǔ)概念
指令： ps
作用： 主要是查看服務(wù)器的進(jìn)程信息
選項(xiàng)含義：
-e：等價(jià)于 ‘-A’ ，表示列出全部的進(jìn)程
-f：顯示全部的列（顯示全字段）

二、執(zhí)行結(jié)果

image.png

列的含義說明：

UID: 該進(jìn)程執(zhí)行的用戶id

PID: 進(jìn)程id

PPID: 該進(jìn)程的父級進(jìn)程id，如果一個(gè)程序的父級進(jìn)程找不到，該程序的進(jìn)程被稱為僵尸進(jìn)程

C: cpu的占用率，形式是百分?jǐn)?shù)（%）

STIME: 進(jìn)程的啟動時(shí)間

TTY: 終端設(shè)備，發(fā)起該進(jìn)程的設(shè)備識別符號，如果顯示‘ ？’表示該進(jìn)程并不是由終端發(fā)起

TIME: 進(jìn)程的執(zhí)行時(shí)間

CMD: 該進(jìn)程的名稱或?qū)?yīng)的路徑

三、常用組合命令
命令：ps -ef | grep 進(jìn)程名稱

image.png

注意：執(zhí)行該命令至少有一個(gè)進(jìn)程(搜索該命令的進(jìn)程)

例如：查看火狐瀏覽器的進(jìn)程

image.png

其實(shí)是因?yàn)榫W(wǎng)絡(luò)的問題一直下載不了數(shù)據(jù)，你可以自己的電腦登陸下載了上傳到服務(wù)器上，你可以自己的電腦登陸下載了上傳到服務(wù)器上。

  287  history
  288  conda avtivate chipseq
  289  conda activate chipseq
  290  ls
  291  cd chipseq/sra
  292  ls
  293  cd ..
  294  ls
  295  mv sra/* raw  #把sra文件夾下所有的文件移動到raw文件夾下
  296  cd raw
  297  ls
  298  fastqc -h
  299  fastqc -o fastqc -t 20 *gz
  300  mkdir fastqc
  301  fastqc -o fastqc -t 20 *gz #raw下所有的gz 文件進(jìn)行fastqc,輸出到fastqc文件夾下，線程數(shù)為20
  302  cd fastqc
  303  ls

image.png

image.png

會在fastqc文件夾下生成fastqc.zip 和 html報(bào)告

  304  cd ..
  305  ls
  306  trim_galore -h
  307  trim_galore --help
  308  trim_galore -q 20 -o ../clean SRR391033.fastq.gz

這個(gè)時(shí)候選擇trim_galore軟件進(jìn)行過濾，過濾條件：測序得到的原始序列含有接頭序列或低質(zhì)量序列，為了保證信息分析的準(zhǔn)確性， 需要對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制，得到高質(zhì)量序列(即Clean Reads)，原始序列質(zhì)量控制的標(biāo)準(zhǔn)為:
①去除含接頭的reads;
②過濾去除低質(zhì)量值數(shù)據(jù)，確保數(shù)據(jù)質(zhì)量;
③去除含有N(無法確定堿基信息)的比例大于5%的reads;

image.png

309  cd ../clean
  310  ls

image.png

  311  less SRR391033.fastq.gz_trimming_report.txt
  312  history