序列相似性搜索是重要的生物信息學研究之一，常常為新測序基因組或序列片段的功能提供參考，而BLAST是這一系列工具中最流行的相似性搜索工具。1989年，美國國家生物技術信息中心（NCBI）首次推出BLAST。自第一版以來，NCBI一直在維護和更新BLAST版本。 2009年，NCBI推出了新版本的獨立式BLAST應用程序（BLAST +），現在的版本已更新到2.7.1。BLAST+與BLAST相比，有很多改進和提高，可以加快搜索速度，并在輸出格式和搜索輸入方面提供更大的靈活性，主要有以下幾點：
- 分割較長的查詢序列以減少內存使用，并且充分利用現代CPU的運算能力；
- 使用數據庫索引來顯著加快搜索的速度;
- 具有保存稍后可用于開始新一輪搜索的“搜索策略”的能力;
- 在表格式結果的格式化方面具有更大的靈活性。
NCBI強烈推薦放棄BLAST，使用BLAST+， 這里說的BLAST和BLAST+，都是本地的，與那個批量BLAST小程序不是一回事。BLAST+下載地址：NCBI BLAST+ 。
BLAST+的一般用法如下：
格式化數據庫
makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out dbname
參數說明:
-in：待格式化的序列文件
-dbtype：數據庫類型，prot或nucl
-out：數據庫名
蛋白序列比對蛋白數據庫（blastp）
blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4
參數說明:
-query： 輸入文件路徑及文件名
-out：輸出文件路徑及文件名
-db：格式化了的數據庫路徑及數據庫名
-outfmt：輸出文件格式，總共有12種格式，6是tabular格式對應之前BLAST的m8格式
-evalue：設置輸出結果的e-value值
-num_threads：線程數
核酸序列比對核酸數據庫（blastn）以及核酸序列比對蛋白數據庫（blastx）
與上面的blastp用法類似：
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 4
以上的參數說明只是一些常用的參數，完整的參數說明可以用-help查詢，關于BLAST的詳細介紹可以參考BLAST的官方文檔。
參考：
- 有個博客：BLAST+使用方法
- BLAST? Command Line Applications User Manual [Internet].
