ragtag優(yōu)化組裝

使用前激活環(huán)境

conda activate ragtag_env

1.功能介紹

組裝改進(jìn)

correct：基于同源性的組裝錯(cuò)誤校正。

scaffold：基于同源性的組裝支架構(gòu)建。

patch：基于同源性的組裝修補(bǔ)。

merge：支架合并。

文件工具

agp2fa：從 AGP 文件構(gòu)建 FASTA 文件。

agpcheck：檢查 AGP 文件格式的有效性。

asmstats：組裝統(tǒng)計(jì)信息。

splitasm：在間隙處分割組裝。

delta2paf：將 delta 文件轉(zhuǎn)換為 PAF 文件。

paf2delta：將 PAF 文件轉(zhuǎn)換為 delta 文件。

updategff：更新 GFF 文件的區(qū)間。

2.實(shí)操

ragtag.py scaffold??ref.fa? ?A.fa

用mumer比對(duì)后

根據(jù)參考基因組對(duì)我們的組裝結(jié)果進(jìn)行打斷

ragtag.py correct? ?ref.fa? ?A.fa? ?-t 8

?著作權(quán)歸作者所有,轉(zhuǎn)載或內(nèi)容合作請(qǐng)聯(lián)系作者
【社區(qū)內(nèi)容提示】社區(qū)部分內(nèi)容疑似由AI輔助生成，瀏覽時(shí)請(qǐng)結(jié)合常識(shí)與多方信息審慎甄別。
平臺(tái)聲明：文章內(nèi)容（如有圖片或視頻亦包括在內(nèi)）由作者上傳并發(fā)布，文章內(nèi)容僅代表作者本人觀點(diǎn)，簡書系信息發(fā)布平臺(tái)，僅提供信息存儲(chǔ)服務(wù)。

相關(guān)閱讀更多精彩內(nèi)容

友情鏈接更多精彩內(nèi)容