思維導圖

• 1）conda是： Linux的應用商店

• 2）下載miniconda

  • 準備工作：檢查有沒有 bzip2（壓縮軟件）
    • 安裝code：yum install -y bzip2
  • 找到miniconda的下載網址

• 3）安裝和配置miniconda

  • 確定安裝目錄：biosoft
  • wget 下載鏈接.sh (sh代表腳本文件）
  • bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh --> enter*n --> yes\
  • 激活：source ~/.bashrc --> conda
    • 失?。簞h除 miniconda3，從bash開始重新repeat
  • 使用清華鏡像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes 

• 4）使用miniconda，

  • 查看已安裝的軟件 conda list
  • 搜索軟件 conda search fastqc
  • 安裝 conda install fastqc -y
    • 指定版本號 conda install fastqc=0.11.7 -y
  • 卸載 conda remove fastqc -y

• 5）滿足不同的生信實戰(zhàn)項目需要，定制conda的分身。

  • def：conda environment 為不同項目的分析定制環(huán)境
  • 查看有哪些conda envs：conda info --envs
  • 新建 conda envs：
    • eg: 建立一個名叫rnaseq的conda環(huán)境，指定python版本是3，安裝軟件fastqc、trimmomatic:
      • conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  • 激活conda envs：
    • conda activate rna-seq
  • 卸載conda envs中的軟件
    • 卸載環(huán)境中的某個軟件
      • conda remove -n rna-seq fastqc -y
    • 卸載整個環(huán)境，需要先退出當前環(huán)境再刪除
      • conda deactivate
      • conda remove -n rna-seq --all

總結

conda使用相關

定制conda環(huán)境