Plink提取部分SNPs數(shù)據(jù)

一、提取某個(gè)染色體上的SNPs
plink --file data --chr 6
二、提取一個(gè)范圍內(nèi)的SNPs

（從一個(gè)rs到另一個(gè)rs，必須在同一條染色體上）

plink --bfile mydata --from rs273744 --to rs89883

另，根據(jù)染色體上的位置提取

plink --bfile mydata --chr 2 --from-kb 5000 --to-kb 10000
三、提取某個(gè)SNP上下20Kb的SNPs
plink --bfile mydata --snp rs652423 --window 20
四、同時(shí)提取多個(gè)范圍的的SNPs及單個(gè)SNPs

(SNP名稱或者范圍內(nèi)不能有空格）

plink --bfile mydata --snps rs273744-rs89883,rs12345-rs67890,rs999,rs222
五、提取指定的SNPs
5.1 把SNP名稱整理成單列的mysnps.txt文件

e.g.
rs123
rs12345
rs123456

plink --file data --extract mysnps.txt
5.2把染色體、范圍、基因名（這個(gè)可以隨便寫）整理成myrange.txt文件

e.g.【行名不要】
CHR BP1（起始位置） BP2 （終止位置） LABEL（基因名or隨便寫）
1 123 456 ABC
12 5465 3456 DFG

plink --file data --extract myrange.txt --range

輸出plink格式時(shí)，后面都需要加上 --make-bed --out result

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