最近開始學(xué)習(xí)研究基因測(cè)序,這是一門新的領(lǐng)域,很復(fù)雜,也很難,基于前段時(shí)間得到的靈感,我覺得一步一步的來學(xué)習(xí)。
首先從最實(shí)用的腫瘤基因檢測(cè)開始學(xué)習(xí)。
什么是腫瘤基因檢測(cè)?
顧名思義,就是針對(duì)與腫瘤有關(guān)的基因進(jìn)行測(cè)序的一門技術(shù)。
目前市場(chǎng)上,腫瘤基因檢測(cè)的產(chǎn)品方向主要有以下幾種:
1. 腫瘤易感基因檢測(cè)
2. 遺傳性腫瘤基因檢測(cè)
3. 腫瘤精準(zhǔn)用藥基因檢測(cè):主要包括化療、靶向及免疫等藥物;
目前跟我最貼切的就是腫瘤精準(zhǔn)用藥基因檢測(cè)了。
化療藥物基因檢測(cè)比較簡(jiǎn)單,主要檢測(cè)人體正常細(xì)胞的基因多態(tài)性(除了腫瘤組織的基因表達(dá)量),而不是測(cè)腫瘤細(xì)胞的基因突變,所以化療藥物基因檢測(cè)還不能算是完全意義上的精準(zhǔn)醫(yī)療,因?yàn)闆]有涉及對(duì)腫瘤細(xì)胞基因突變的分析;
靶向藥物的基因檢測(cè)通常會(huì)檢測(cè)腫瘤信號(hào)通路中特定基因的點(diǎn)突變/插入缺失/拷貝數(shù)據(jù)變異/融合(結(jié)構(gòu)變異)情況,從而找到對(duì)特定患者有效的藥物或方案,算是真正意義上的精準(zhǔn)醫(yī)療;
免疫藥物基因檢測(cè)主要檢測(cè)與免疫相關(guān)的生物標(biāo)志物,比如TMB,PD-L1,MSI,MMR,HLA等,以期指導(dǎo)免疫治療;
腫瘤早期篩查基因檢測(cè):通過液體活檢技術(shù)對(duì)ctDNA(甲基化)進(jìn)行加測(cè),在腫瘤早期或超早期的時(shí)候就能夠發(fā)現(xiàn)基因水平的變化,從而達(dá)到過早篩查,早發(fā)現(xiàn),早診斷及早治療的目的;
除此之外,還有腫瘤預(yù)后預(yù)測(cè)、療效評(píng)估等基因檢測(cè)。。。
在推廣腫瘤基因檢測(cè)的時(shí)候我們經(jīng)常會(huì)講到什么癌panel這個(gè)詞,其實(shí)panel是NGS(二代測(cè)序,高通量測(cè)序技術(shù))技術(shù)發(fā)展起來的一個(gè)詞語(yǔ),主要指同時(shí)檢測(cè)多個(gè)基因、多個(gè)位點(diǎn)。基因檢測(cè)的panel官方稱之為“基因包”,也可以稱之為“基因組合”,商業(yè)化的市場(chǎng)稱之為基因套餐。
在腫瘤記憶檢測(cè)中,對(duì)于樣本類型該如何選擇呢?
毋庸置疑,組織應(yīng)該是金標(biāo)準(zhǔn),在有組織的情況下,肯定組織優(yōu)先。
按照檢出率的話,新鮮組織>石蠟切片>胸腹水上清>胸腹水細(xì)胞>外周血
不過主要還是考慮臨床取樣的便捷性。