1、CRAN來(lái)源包安裝（install.packages）
這種方式是最常見(jiàn)的，可以一次安裝一個(gè)包或者多個(gè)包：
# 示例
install.packages("ggsci")
install.packages(c('ggplot2', 'pheatmap', 'ggpubr', 'ggnewscale'))
有時(shí)候需要安裝指定的版本，可以直接指定下載的url或者下載壓縮包到本地進(jìn)行安裝：
# 指定url
install.packages("http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/ggplot2/ggplot2_1.0.1.tar.gz", repos=NULL, type="source")
# 下載到本地
install.packages("BiocInstaller_1.20.1.tar.gz", repos = NULL)
還有時(shí)候安裝一些包的時(shí)候，需要一些依賴(lài)，可以使用withr::with_makevars來(lái)指定依賴(lài)進(jìn)行安裝。
with_makevars的功能：Temporarily change contents of an existing Makevars file.
具體可以查看安裝時(shí)候的報(bào)錯(cuò)，比如有些.h文件等找不到了這種，一般都會(huì)有一些提示，然后指定下再安裝就沒(méi)問(wèn)題了。(建議報(bào)錯(cuò)網(wǎng)絡(luò)搜索下看缺啥依賴(lài)）
如下是我在安裝devtools包依賴(lài)的時(shí)候報(bào)錯(cuò)的幾個(gè)包的示例：
# 安裝devtools包依賴(lài)
withr::with_makevars(c(CPPFLAGS="-I/miniconda3/envs/seurat_v5_2023/include/freetype2/"), install.packages("systemfonts"))
withr::with_makevars(c(CPPFLAGS="-I/miniconda3/envs/seurat_v5_2023/include/harfbuzz/ -I/miniconda3/envs/seurat_v5_2023/include/fribidi/ -I/miniconda3/envs/seurat_v5_2023/include/freetype2/"), install.packages("textshaping"))
withr::with_makevars(c(CPPFLAGS="-I/miniconda3/envs/seurat_v5_2023/include/freetype2/"), install.packages("ragg"))
2、github來(lái)源包安裝
remotes和devtools都可以安裝，兩者的區(qū)別可以參考：https://mp.weixin.qq.com/s/vSDqpwHkZjMZz6KJowV8jA
從 Github 安裝包，兩個(gè)函數(shù)都可以完成，但 remotes::install_github() 通常更快、更輕量級(jí)，如果安裝包的話(huà)還是優(yōu)先remotes。remotes還能安裝來(lái)自從 Github、GitLab、Bitbucket 和 SVN 等其他來(lái)源安裝包的功能
# 從github安裝
# 不用導(dǎo)入
remotes::install_github('ZJUFanLab/scCATCH')
# 先導(dǎo)入
library(remotes)
install_github("satijalab/seurat-data", "seurat5")
install_github("Coolgenome/iTALK", build_vignettes = TRUE)
# devtools安裝類(lèi)似
#library(devtools)
devtools::install_github('ZJUFanLab/scCATCH')
3、Bioconductor來(lái)源包安裝
搜索R包網(wǎng)站：https://www.bioconductor.org/
在 R==3.5（Bioconductor-3.7） 前，Bioconductor 都是通過(guò) biocLite 安裝相關(guān)的 R 包：
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite(pkg_name)
從 R-3.5（Bioconductor-3.8）起，Bioconductor 改成了BiocManager包來(lái)安裝
# 通過(guò)bioconductor安裝
if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("pcaMethods")
4、conda安裝R包
搜索R包的網(wǎng)站：https://anaconda.org/
如果對(duì)應(yīng)的R包在conda中已有安裝包，也可以考慮使用conda 來(lái)安裝。一般就是r-包名稱(chēng)或者bioconductor-包名稱(chēng)這種格式。
# 通過(guò)conda安裝
conda install r-base
conda install r-ggplot2
最后，基本上任何來(lái)源的包，如果安裝時(shí)是由于網(wǎng)絡(luò)等下載不下來(lái)導(dǎo)致失敗，都可以直接下載到本地（包括自己寫(xiě)的包），然后使用install.packages()來(lái)本地進(jìn)行安裝。
安裝時(shí)注意：
- 有時(shí)候有些包安裝的時(shí)候會(huì)改變R版本，會(huì)導(dǎo)致后面安裝一些包出現(xiàn)不兼容的情況，一定要注意！盡量不要改變R的版本
- 如果install.packages()遇到當(dāng)前包在當(dāng)前R中不可用，可以看看在bioconductor或者github等其他來(lái)源上面是不是有，任意裝一種即可
- 安裝的時(shí)候要注意查看當(dāng)前包的版本，如果是環(huán)境遷移，要注意保持包的版本一致
- 其他，等發(fā)現(xiàn)再補(bǔ)充
如有描述不當(dāng)或者錯(cuò)誤，歡迎大家批評(píng)指正！
