Python處理fa文件的1/N種嘗試

Part1 :計(jì)算fasta的序列的長(zhǎng)度
建立一個(gè)測(cè)試文件

>chr1
ATCTTCCCGGGGGGGGGAA
#!/user/bin/python

with open ("test1.fa") as fasta:
    next(fasta)
    length =0
    for line in fasta:
        #print(line)
        line = line.rstrip()
        length = length +len(line) 
        print(length)

注意點(diǎn):
line.rstrip() 去掉換行吧符,因?yàn)椴蝗サ魮Q行符,在文本文件里,換行符/n,new line 會(huì)占據(jù)字符長(zhǎng)度。

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