軟件簡(jiǎn)介

功能

1. 統(tǒng)計(jì)并篩選DNA序列中k-mers的數(shù)目，輸出的結(jié)果為二進(jìn)制文件，能夠使用jellyfish dump轉(zhuǎn)換成文本文件。
2. 最終得到將所有reads打斷為長(zhǎng)度為k的fasta文件，從而應(yīng)用于后續(xù)的序列組裝。

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幫助文檔

軟件使用

軟件的幫助信息

Usage: jellyfish <cmd> [options] arg...
Where <cmd> is one of: count, bc, info, stats, histo, dump, merge, query, cite, mem, jf.
Options:
  --version        Display version
  --help           Display this message

示例

#統(tǒng)計(jì)both.fa中將k-mer設(shè)為31時(shí)所生成的reads的數(shù)目。其中：-t表示線程數(shù)；-m表示所設(shè)定的k-mer大小；-s表示所生成的哈希表的大??；--cannonical表示規(guī)范化。默認(rèn)將結(jié)果輸出到mer_counts.jf,重定向使用-o參數(shù)。
jellyfish count -t 10 -m 31 -s 4000465651  --canonical  both.fa

#將k-mer的序列輸出到文件jellyfish.kmers.fa中。在fa文件中，頭部為總的k-mer的數(shù)目，其它的都未每個(gè)k-mer的reads出現(xiàn)的次數(shù)。-L用來(lái)指定過(guò)濾掉的最低頻率，-U用來(lái)制定過(guò)濾掉的最高頻率。
jellyfish dump -L 2 mer_counts.jf > jellyfish.kmers.fa

#輸出k-mer頻率的直方圖到*.histo文件
jellyfish histo -t 10 -o jellyfish.kmers.fa.histo mer_counts.jf

其它語(yǔ)言的接口

python

#! /usr/bin/env python

import jellyfish
import sys

mf = jellyfish.ReadMerFile(sys.argv[1])
for mer, count in mf:
    print("%s %d" % (mer, count))

perl

#! /usr/bin/env perl

use jellyfish;

my $mf = jellyfish::ReadMerFile->new($ARGV[0]);
while($mf->next_mer) {
  print($mf->mer, " ", $mf->count, "\n");
}