蛋白質(zhì)ID映射 & 3D結(jié)構(gòu)下載

最近需要做S.celevisiae數(shù)據(jù)集的相關(guān)操作，需要根據(jù)VEuPathDB數(shù)據(jù)庫中酵母菌蛋白質(zhì)的ID，獲得其序列以及3D結(jié)構(gòu)。

這里采用從UniProt數(shù)據(jù)庫中獲得其序列以及3D結(jié)構(gòu)，因此，需要如下步驟：

  1. 將VEuPathDB中的id映射為UniProt中的ID

  2. 下載3D文件

1、ID映射

首先，進入UniProt官網(wǎng)，進入ID mapping功能界面

UniProt官網(wǎng)

進入界面后，在From database下拉欄中選擇VEuPathDB數(shù)據(jù)庫，To database下拉欄中選擇UniProtKB。

然后將需要轉(zhuǎn)換的VEuPathDB數(shù)據(jù)庫中的ID寫到框中，點擊MAP IDs，開始進行轉(zhuǎn)換。

ID mapping

查詢完成后，會顯示結(jié)果completed

ID mapping Completed

點擊Completed，會進入到詳情頁面

  • 如果要研究特定物種/器官中的蛋白質(zhì)，需要選擇Popular organisms，我理解的是由于同一個蛋白質(zhì)可能會出現(xiàn)在不同的物種/器官中，所以需要選擇到特定場景中，以篩選蛋白質(zhì)
  • 如果只是查詢，可以點擊Customize columns，選擇需要在頁面的詳情表格中出現(xiàn)的數(shù)據(jù)
  • 如果需要將數(shù)據(jù)下載下來，做進一步的分析，點擊Download
    ID mapping

點擊之后，會出現(xiàn)下載頁面，可以調(diào)整Format，以此來選擇下載文件的格式

  • 默認是FASTA格式

  • 但是如果需要額外的詳細信息，比如序列，AlphaFold數(shù)據(jù)庫中的3D結(jié)構(gòu)名稱，就需要選擇Excel等格式


    Download

在詳情選擇界面，如果點對號，相應(yīng)的信息就會出現(xiàn)在下載的Excel文件中，比如我額外選擇了Sequences -> Sequence以及External Resources -> 3D structure -> AlphaFoldDB。

選擇完成后，點擊下載，就可以下載映射完成后的文件。


Sequence

3D structure

可以看到，下載好的Excel文件中，就會出現(xiàn)我們感興趣的內(nèi)容


Excel

2、AlphaFold 3D結(jié)構(gòu)下載

進入AlphaFold官網(wǎng)，在搜索欄輸入上面下載的Excel文件中對應(yīng)蛋白質(zhì)的AlphaFoldDB中的ID(也就是Entry，UniProt數(shù)據(jù)庫中的ID)，這里以第一個P32367為例。

搜索完成后，在Download中選擇想要下載的文件格式，我選擇的是PDB file

PDB file

下載完成后，就可以得到P32367蛋白質(zhì)的3D結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)

P32367

另外，AlphaFold也提供了下載整個物種/器官中所有蛋白質(zhì)3D結(jié)構(gòu)的地方，點擊download

在頁面中選擇需要下載的物種/器官數(shù)據(jù)集


3D structure dataset

比如我們所感興趣的酵母菌蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)集就出現(xiàn)在這里


S.cerevisiae
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