Minimap2是李恒大牛在2018年開發(fā)的針對于三代測序數(shù)據(jù)進(jìn)行比對的工具，minimap2的優(yōu)勢是速度快，而且聽說比對的結(jié)果也比較不錯，不知道甩samtools幾條街；缺點(diǎn)呢，就是耗費(fèi)內(nèi)存。
李恒大神實(shí)在是太牛了。
minimap2的主要思想是：首先將基因組序列的minimizer存儲在哈希表中(minimizer指一段序列內(nèi)最小哈希值的種子)；然后對于每一條待比對序列， 找到待比對序列所有的minimizer，通過哈希表找出其在基因組中的位置， 并利用chaining算法尋找待比對區(qū)域；最后將非種子區(qū)域用動態(tài)規(guī)劃算法進(jìn)行比對，得到比對結(jié)果。minimap2方法只對最小哈希值的種子進(jìn)行存儲，可有效降低時(shí)間復(fù)雜度。
01 Minimap2的安裝
由于我們學(xué)校的管理員很勤奮，所有很多軟件都不用我們手動安裝。直接module 加載即可。
module load minimap2/v2.17
# 簡簡單單
看GitHub上，要自行安裝的話也不麻煩。參考：https://github.com/lh3/minimap2
git clone https://github.com/lh3/minimap2
cd minimap2 && make
很簡單，應(yīng)該沒有什么坑。
02Minimap2的使用
其實(shí)看了李恒的GitHub的話，基本上已經(jīng)很明白了（突然感覺寫這個帖子毫無意義），而且get start特別簡單。
跑一下我的數(shù)據(jù)。
minimap2 -ax map-pb azyz.genome.fasta azyz.flnc.fasta > aln.sam
03結(jié)果分析
比對結(jié)果，和samtools的格式是一樣的，這點(diǎn)沒有什么好說的。我這里的主要目的是通過全長轉(zhuǎn)錄組，來看一下我找到的那個基因（40kb，成精了呢）是否是一個真的基因。
我的做法是在IGV上找一下那個基因，是否有ISO的read達(dá)到那么長。那么接下來就是轉(zhuǎn)bam，igv導(dǎo)入數(shù)據(jù)就完事了。
samtools view -Sb aln.sam > aln.bam
所以本次的筆記就到這里。
