3D Genome 可視化工具

可視化工具介紹

4D nucleome （http://www.4dnucleome.org/）項目挺有意思的，即旨在理解核的三維結(jié)構(gòu)加上在時間尺度上的變化。該項目目前的進展是3D genome測序方法的開發(fā)，數(shù)據(jù)分析和可視化。就可視化而言，因為要顯示三維結(jié)構(gòu)，所以其實最簡單的組合技巧就是例如Hi-C數(shù)據(jù)的heatmap加上例如TF和histone modification的tracks。NGS Hotpot簡單介紹一下幾款3D genome可視化工具。后期可根據(jù)評論排序深入介紹一到兩個。

1. washU
NGS Hotpot最愛的可視化工具，Hi-C，ChIA-PET，HiChIP等等都適用，fancy的圖如下[1]。根據(jù)這里的指示long range 準備好數(shù)據(jù)，大的track直接放在本地服務器上只要具有http訪問權(quán)限即可用來顯示heatmap，小的例如ChIA-PET的loop可以直接上傳。

缺陷：不知是否是墻的原因，要顯示heatmap會極其之卡頓，希望早日有Asia鏡像。Plus：似乎washU的本地安裝教程有缺陷，嘗試過兩次無法成功安裝。

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2.Juicebox
對于Hi-C而言，如果預處理直接使用Juicer, Juicebox[2]看heatmap非常方便. 然而，由于其預處理生成的.hic文件中已經(jīng)含有例如5k，10k，20k，40k這種分辨率的信息，所以，調(diào)整圖比較需要花心思，同時，也不太容易把例如Hi-C，ChIA-PET的數(shù)據(jù)放到一張圖里比較。

3. Sushi.R

Sushi是基于R的可高度定制的可視化工具，需要一點小小的編程基礎，需要微調(diào)的小參數(shù)較多。大致圖樣如下[3]。

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4.HiCPlotter

HiCPlotter 是基于python的高度可定制的可視化工具，除了畫loop的那段代碼有個小bug，畫的loop不好看，需要微調(diào)的參數(shù)較少，需要準備的數(shù)據(jù)格式簡單，準備好色號進行微調(diào)，效果還是不錯的。大致圖樣如下[3]。HiCPlotter和Sushi.R都適合已經(jīng)確定好范圍和出圖，不適合探索合適的區(qū)域。

5.HiGlass

HiGlass [4],這個工具出圖效果和Juicebox差不多，同時顯示很多可比較的heatmap效果不錯，但是沒法導出如PDF等的矢量圖，適合探索要畫圖的區(qū)域。

6.GIVe

GIVe， 這個工具的設計理念和上述幾個都不一樣，不是簡單的heatmap或者loop加普通track，兩個平行的基因組設計挺有意思的，也可以用來顯示global的DNA和RNA的interactions。

7.3D Genome Browser：實現(xiàn)可視化基因組3D結(jié)構(gòu)和長距離染色體作用 | Genome Biology

8.YUE lab 開發(fā)的三維可視化工具，可以加載washU，USCS注釋
來源：
3D Genome可視化工具
NGSHotpot [NGSHotpot機器深度學習生信](javascript:void(0);) 2017-04-10