注釋用的參考數(shù)據(jù)庫

細胞類型鑒定

思路

代碼在cell_marker_annotation.R

1、查看所有marker基因

0亞群很多是T細胞的marker，可以初步注釋為T細胞
1亞群也像T或者NK細胞
0和1很相似，可以計算這個亞群的差異基因，代碼在sub_analysis_scRNA

2、計算特定兩組細胞之間的差異基因，決定要不要把兩個亞群合并

這里看的是cluster0和3的差異，下表按照差異大小排序，

發(fā)現(xiàn)cluster0和3差異大的都是線粒體基因，說明本身基因差異不大，那就可以合并；接著看看cluster0,3和cluster1的差異

這些差異基因是有意義的，那么1也許可以不合并進去

免疫細胞注釋可以用singleR

注釋小結(jié)

cellmarker優(yōu)于panglaoDB優(yōu)于其他數(shù)據(jù)庫，但只能解決一部分問題，還要靠文獻查找
可以把每個亞群找到的marker用在線工具做功能富集，初步看一下功能