殺殺
最近學(xué)了幾個(gè)矩陣批量替換的陽(yáng)間方法，拒絕for循環(huán)！
應(yīng)用：數(shù)據(jù)格式的標(biāo)準(zhǔn)化
以前我做的時(shí)候會(huì)用excel，或者在R中一列一列地進(jìn)行替換，使用which之類的函數(shù)。
但是當(dāng)我們需要批量替換的時(shí)候，可以使用更方便的方法：
Replace
首先是do包中的Replace函數(shù)
我想要把我數(shù)據(jù)中所有的"Primary","Female","Wildtype","Non-codel","un-methylated"都統(tǒng)一換成0，表示一種野生型/對(duì)照的狀態(tài)
另外，數(shù)據(jù)中所有的"Recurrent","Secondary","Male","Mutant","Codel","methylated"都統(tǒng)一換成1，表示一種突變型的狀態(tài)
library(do)
CGGA_325_clinical1 <- Replace(data=CGGA_325_clinical,from = c("Primary","Female","Wildtype","Non-codel","un-methylated"),to = 0)
CGGA_325_clinical2 <- Replace(data=CGGA_325_clinical1,from = c("Recurrent","Secondary","Male","Mutant","Codel","methylated"),to = 1)
注意替換的時(shí)候可以把原矩陣賦值給新的一個(gè)對(duì)象，以免覆蓋錯(cuò)誤導(dǎo)致原始信息丟失。另外最好是留下最初的矩陣，以便進(jìn)行檢查。
另外，需要特別注意！
Replace這個(gè)函數(shù)針對(duì)的是字符串對(duì)象，也就是說(shuō)它識(shí)別的是字符串而不是矩陣或者list，這導(dǎo)致了重復(fù)識(shí)別的可能。比如我們有兩個(gè)值‘A’，和‘NA’，這兩個(gè)本身代表的是完全不同的意義，如果你先將A替換為1，然后想將NA替換為0，在代碼運(yùn)行時(shí)，函數(shù)會(huì)將NA里的A也替換成1，這樣你的所有NA會(huì)變成N1，這樣會(huì)導(dǎo)致后面的操作無(wú)法進(jìn)行。
因此我們需要進(jìn)行類似excel中“單元格匹配“的操作，也就是只有當(dāng)我的字符完全匹配的時(shí)候才進(jìn)行替換，我們可以使用正則表達(dá)式進(jìn)行，就是在字符前后加上^和$
test_data1 <- Replace(data=test_data,from = c("^\\(-)$","^F$","^wt$","^no loss$","^Un-Met$"),to = 0)
注意舉例里的"^\(-)"，因?yàn)槔ㄌ?hào)和加號(hào)都是正則表達(dá)式，都需要加上\避免系統(tǒng)錯(cuò)誤識(shí)別。
類似的大家可以舉一反三地寫(xiě)代碼。
還有更重要的是！
在使用這個(gè)函數(shù)進(jìn)行批量替換過(guò)后，它會(huì)自動(dòng)把矩陣全部變成字符型（所以如果你需要在這個(gè)矩陣中進(jìn)行加減乘除的操作請(qǐng)?jiān)谂刻鎿Q前做）：
這時(shí)候直接as.numeric強(qiáng)制轉(zhuǎn)換成數(shù)值型，會(huì)導(dǎo)致我想保留的字符（比如3,4列）變成NA，把剛剛轉(zhuǎn)成01的再一列列換回?cái)?shù)值型也太無(wú)聊了，所以我一般會(huì)這么做
write.csv(test_data3,"japan_test_temp.csv",row.names = F,quote = F)
test_data3_deal <- read.csv("test_data3_temp.csv",header = T)
馬上變成你想要的樣子~
mutate
另外一種需求是，比如說(shuō)我有一列代表等級(jí)，原始的等級(jí)用希臘數(shù)字I, II, III, IV表示，我需要分別替換成1,2,3,4 這時(shí)候需要用到另一個(gè)函數(shù)mutate
library(tidyverse)
CGGA_325_clinical3 <- CGGA_325_clinical2%>%
mutate(grade=recode(grade,"WHO I"="1","WHO II"="2","WHO III"="3","WHO IV"="4"))%>%
mutate(grade=as.numeric(grade))
我們這邊使用管道操作，把四個(gè)需要替換的字符換成數(shù)值。
祝大家天天開(kāi)心~
