日期：2019年1月13日——2019-Week2
分類(lèi)：「工具」
題目：esATAC: An Easy-to-use Systematic pipeline for ATAC-seq data analysis
DOI: 10.1093/bioinformatics/bty141
雜志：Bioinformatics，2018 Aug
關(guān)鍵詞： ATAC; chromatin accessibility; transcription factor; regulatory network
介紹
之前介紹過(guò)中科大Kun Qu老師實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的用于bulk ATAC-seq分析的工具包 —— 「ATAC-pipe」，雖然個(gè)人并不推薦依賴(lài)使用這種打包工具包。但是他們的分析方法和原理還是值得了解和學(xué)習(xí)的。這里再介紹一個(gè)ATAC-seq分析的工具包——esATAC，是由清華大學(xué)Xiaowo Wang老師實(shí)驗(yàn)室開(kāi)發(fā)的一個(gè)R/Bioconductor包，它的功能包括如下幾方面：
- 原始數(shù)據(jù)的質(zhì)控和比對(duì)
- peak calling
- 富集分析
- 轉(zhuǎn)錄因子足跡分析
具體分析方法參考vignettes:
https://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/esATAC/inst/doc/esATAC-Introduction.html
數(shù)據(jù)分析流程
- 初始數(shù)據(jù)：可以直接處理fastq格式的測(cè)序數(shù)據(jù)
- 質(zhì)控：多種質(zhì)控方法，包括測(cè)序質(zhì)量，read length分布等
- 去接頭：AdapterRemoval
- 比對(duì)：Bowtie2
- 鑒定開(kāi)放染色質(zhì)peak：F-seq？？
仔細(xì)了解(Boyle, et al., 2008,Koohy, et al., 2014) - peak的注釋?zhuān)篊hIPseeker包
- TF分析：結(jié)合JASPAR數(shù)據(jù)庫(kù)
- 適用物種：人和鼠
單細(xì)胞RNA-seq、ATAC-seq分析教程、工具大集錦: https://github.com/seandavi/awesome-single-cell
