MeRIP-Seq之exomePeak2使用教程peak 差異分析：

library("exomePeak2")

GENE_ANNO_GTF ="hg38.ncbiRefSeq.gtf"

f1 = "IP1.bam"

f2 = "IP2.bam"

IP_BAM = c(f1,f2)

f1 = "IP1_input.bam"

f2 = "IP1_input.bam"

INPUT_BAM = c(f1,f2)

f3 = "IP3.bam"

f4 = "IP4.bam"

TREATED_IP_BAM = c(f3,f4)

f3 = "IP3_input.bam"

f4 = "IP4_input.bam"

TREATED_INPUT_BAM = c(f3,f4)

sep <- exomePeak2(bam_ip = IP_BAM,

? ? ? ? ? ? ? ? ? bam_input = INPUT_BAM,

? ? ? ? ? ? ? ? ? bam_treated_input = TREATED_INPUT_BAM,

? ? ? ? ? ? ? ? ? bam_treated_ip = TREATED_IP_BAM,

? ? ? ? ? ? ? ? ? gff_dir = GENE_ANNO_GTF,

? ? ? ? ? ? ? ? ? genome = "hg38",

? ? ? ? ? ? ? ? ? paired_end = FALSE)

注意事項：比對時參考基因組一定為hg38.fa,不然會報錯。