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建立比對數(shù)據(jù)庫
makeblastdb -in Ms.Unigene.fa -dbtype nucl -parse_seqids -out Msrna '##建立比對數(shù)據(jù)庫
-in 數(shù)據(jù)來源fasta 格式，
-dbtype 數(shù)據(jù)庫類型, nucl 代表核酸 prot為蛋白質(zhì)
-parse_seqids 用途不明，建議加上，
-out 數(shù)據(jù)庫名稱
執(zhí)行上述代碼后將生成后綴為nin,nhr,nsq,nsi,nsd,nog六個(gè)文件，至此，自定義搜索庫文件生成完成
image.png 開始blast
blast程序的基本格式
blast* -query [filename,輸入文件名] -db [dbname數(shù)據(jù)庫名稱] -out [outputfilename輸出文件名]
-query 比對序列文件，必須是fasta格式
-db 格式化好的數(shù)據(jù)庫名稱,需要先建庫
-out 輸出到文件
-outfmt # 輸出文件格式;
0 = pairwise,
1 = query-anchored showing identities,
2 = query-anchored no identities,
3 = flat query-anchored, show identities,
4 = flat query-anchored, no identities,
5 = XML Blast output,
6 = tabular,
7 = tabular with comment lines,
8 = Text ASN.1,
9 = Binary ASN.1
10 = Comma-separated values
-perc_identity # 指定結(jié)果中perc_identity 的范圍
-evalue 1e-5 #指定篩選標(biāo)準(zhǔn)，超過指定evalue值的數(shù)據(jù)被舍棄，普通模式 1e-5
-num_threads #線程數(shù)，根據(jù)電腦配置量力而行
-num_descriptions# tabular格式輸出結(jié)果的條數(shù)
blastn ## 核酸比對
blastp ## 蛋白比對
blastx ## 用核酸序列比對蛋白數(shù)據(jù)庫
tblastn## 蛋白序列對核酸庫的比對，現(xiàn)將核酸庫翻譯成蛋白庫，再將蛋白序列與翻譯后的蛋白庫進(jìn)行比對。
tblastx## 核酸與核酸數(shù)據(jù)庫在蛋白質(zhì)水平比較
短序列比對
blastn -task blastn-short -db Zea_mays.B73_RefGen_v4.dna.toplevel.fa -query primer.txt -word_size 7 -evalue 1 -out uniprimer.txt
短序列比對，不用-dbtype 及-parse_seqids
-task 指定任務(wù)類型，這里需要指定為blastn-short
-word_size 這里設(shè)為7
-evalue 指定篩選標(biāo)準(zhǔn)，這里設(shè)為1，因?yàn)槎绦蛄械膃值一般會(huì)較大
