1. Samtools faidx

利用 samtools 的 faidx 工具，方法如下：
首先用 faidx 生成 fasta 序列文件索引

samtools faidx hg19.fa
samtools faidx hg19.fa chr13:1000000:10006666

2.bedtools getfasta

BEDTools是可用于genomic features的比較，相關(guān)操作及進(jìn)行注釋的工具。而其中g(shù)etfasta的功能就是根據(jù)坐標(biāo)信息提取序列信息。
-fi：參考基因組fasta文件；
-bed：需要提取的序列的位置信息；
-fo：輸出文件。

bedtools getfasta [OPTIONS] -fi <input FASTA> -bed <BED/GFF/VCF>

3.pysam fetch

name_file = pysam.AlignmentFile(input_filename, "rb")

for line in name_file.fetch(contig="chr21",  start=xx, end=xx):
    print(line)
 

提取參考基因組某個(gè)位置的堿基 - 簡(jiǎn)書(shū) (jianshu.com)

4. biopython

genome_dict= {}

for line in SeqIO.parse("ref.fa", format="fasta"):
    print(record)
    genome_dict[line.id] = record.seq.upper()
genome_dict["chr1"][1:100000]

5.R Biostrings

library(Biostrings) ;
s = readDNAStringSet("ref.fasta")
s$chr1[1:100]