最近在幫忙做一個(gè)大文章，用到這個(gè)神奇的軟件，做個(gè)踩坑記錄。

軟件是由大拿唐海寶老師寫的。
ps: 見過唐老師本人，高高帥帥的，說話又好聽，要被迷倒了(/ω＼)

咳咳，言歸正傳。
參考教程：

https://github.com/tanghaibao/jcvi/wiki/MCscan-(Python-version)

http://www.itdecent.cn/p/39448b970287?utm_source=desktop&utm_medium=timeline&tdsourcetag=s_pctim_aiomsg

以上兩個(gè)鏈接，一個(gè)是官網(wǎng)wiki一個(gè)是我華華鐘師姐的使用筆記，大家可以參考一下。

安裝：

講真，論有管理員權(quán)限的好處！

sudo apt install last-align
pip install jcvi

沒有權(quán)限的旁友請(qǐng)自行通過wiki中的鏈接進(jìn)行安裝。記得把lastal和lastdb還有scip加入你的環(huán)境變量啊~
還有就是jcvi是用python2寫的，記得用python2.7去運(yùn)行，包括pip也調(diào)用python2的pip。記得用which查看一下python和pip的路徑。
因?yàn)槲业沫h(huán)境默認(rèn)是用python3，此時(shí)我就想到要不用conda來創(chuàng)建一個(gè)python2的環(huán)境好了，這樣比較方便管理。回頭一想，萬一jcvi可以用conda一鍵安裝呢。

于是就用https://bioconda.github.io/recipes搜了一下conda的倉庫，發(fā)現(xiàn)居然conda倉庫里真的有jcvi！conda牛批！haibaotang牛批！

conda create -n jcvi jcvi

上面這條是說創(chuàng)建一個(gè)叫jcvi的軟件并安裝jcvi。
安裝好軟件并激活進(jìn)入jcvi的環(huán)境之后就可以按照wiki的指示用示例物種文件試個(gè)水。

python -m jcvi.apps.fetch phytozome

jcvi可以直接從phytozome上下載物種的cds和gff3文件，可以說是很方便了。不過是用的v9.0版本的phytozome了。。有點(diǎn)古老。

phytozome v9.0

示例里是下載的葡萄和梨，我下面就貼一下文件準(zhǔn)備的每一步的流程，就不詳細(xì)寫了。

#下載葡萄和梨的cds&gff3
python -m jcvi.apps.fetch phytozome Vvinifera,Ppersica

#將gff壓縮文件直接轉(zhuǎn)換成bed格式（解不解壓結(jié)果都一樣。根據(jù)物種的不同，有的時(shí)候type可以選擇gene）
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Vvinifera_145_gene.gff3.gz -o grape.bed
python -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=Name Ppersica_139_gene.gff3.gz -o peach.bed

#將id行的描述信息刪除。也可手動(dòng)用vim進(jìn)行替換。
python -m jcvi.formats.fasta format --sep="|" Vvinifera_145_cds.fa.gz grape.cds
python -m jcvi.formats.fasta format --sep="|" Ppersica_139_cds.fa.gz peach.cds

結(jié)果查看：

$ ls *.???
grape.cds  peach.cds  grape.bed  peach.bed

ps: *是代表匹配任意個(gè)數(shù)的任意字符，?是代表匹配一個(gè)任意字符。

好了，經(jīng)過這幾步的準(zhǔn)備，可以開始做Pairwise synteny search了。

$ python -m jcvi.compara.catalog ortholog grape peach

這一步，如果是用的pip安裝很有可能會(huì)報(bào)錯(cuò)，雖然好像conda安裝也會(huì)有點(diǎn)問題。

• 報(bào)錯(cuò)一：缺少numpy模塊

一開始也很懵，咋就缺模塊了呢。行叭，你說缺就缺，安裝就完事兒了。

pip install numpy

• 報(bào)錯(cuò)二：缺少scipy模塊
  報(bào)錯(cuò)信息如下：

ImportError: No module named scipy.spatial

行叭，如法炮制。

• 報(bào)錯(cuò)三: 找不到叫kpsewhich的文件或者目錄

[dviread] find_tex_file(phvr7t.vf): ['kpsewhich', u'phvr7t.vf']
No such file or directory called 'kpsewhich'

大概是這么一句話，已經(jīng)找不到原來的報(bào)錯(cuò)信息了。我特意去查了這個(gè)找不到的kpsewhich是個(gè)啥。用apt，不行，找不到這個(gè)包；用conda搜，不行，沒有這個(gè)東西，用pip安裝，也沒有。。沒辦法走投無路只能去看mcsan的issue了。翻到issue39找到了想要的東西：這玩意。。好像是因?yàn)樽煮w找不到才報(bào)錯(cuò)的。。？這什么鬼啊。。才注意到剛才那句報(bào)錯(cuò)信息的上面是：

12:15:02 [texmanager] serif font is not compatible with usetex.
12:15:02 [texmanager] serif font is not compatible with usetex.
12:15:02 [texmanager] family: serif, font: Computer Modern Roman, info: ('cmr', '')
12:15:02 [texmanager] family: sans-serif, font: Helvetica, info: ('phv', '\\usepackage{helvet}')
12:15:02 [texmanager] cursive font is not compatible with usetex.
12:15:02 [texmanager] cursive font is not compatible with usetex.
12:15:02 [texmanager] family: cursive, font: Zapf Chancery, info: ('pzc', '\\usepackage{chancery}')
12:15:02 [texmanager] monospace font is not compatible with usetex.
12:15:02 [texmanager] monospace font is not compatible with usetex.
12:15:02 [texmanager] family: monospace, font: Computer Modern Typewriter, info: ('cmtt', '')

大意是草書字體與usetex不兼容云云。。還有這種操作？？
解決這個(gè)問題的辦法是：

sudo apt-get install -y texlive texlive-latex-extra texlive-latex-recommended

沒有管理員權(quán)限的參考下面的命令:

$ docker pull tanghaibao/jcvi
$ docker run -it --rm -v `pwd`:/w -w /w tanghaibao/jcvi python -m jcvi.graphics.dotplot Ath.Aly.anchors

至此所有的報(bào)錯(cuò)都解決了，后面就按照wiki操作就可以了。偷個(gè)懶就不寫了。

這是我用的layout

# y, xstart, xend, rotation, color, label, va,  bed
 .4,     .2,    .9,       0,      , waterlily, top, nym.bed
 .2,     .2,    .9,       0,      , shuilian, botton, nym.bed
# edges
e, 0, 1, nym.nym.anchors.simple

我發(fā)現(xiàn)haibaotang給的layout有點(diǎn)bug。如果xstart設(shè)置為.1的話你設(shè)置的label只能顯示半個(gè)。所以調(diào)成了.2；這里的y值我的理解是縱向的位置，如果你把上下兩個(gè)值填一樣的（比如都是.4）上下兩條會(huì)重疊在一起；xend不能調(diào)比.9大的值，否則會(huì)變得特別特別小，變成面條；
下面的edges不能瞎改，0和1的意思是把第一個(gè)和第二個(gè)連線，如果有三個(gè)物種一起做共線性的話，下面這行可以寫成

# edges
e, 0, 1, file1.file2.anchors.simple
e, 1, 2, file2.file3.anchors.simple

原文：

Section # edges says that we should connect track 0 (grape) with 1 (peach), track 1 (peach) with 2 (cacao).

如果要強(qiáng)調(diào)顏色的話，編輯xx.xx.anchors.simple這個(gè)文件，在需要強(qiáng)調(diào)的block前面添加上g*或者r*
g=green r=red b=blue
……
我也不知道一共有多少種顏色可以用，反正可以搞得花花綠綠的特別高級(jí)

放一張半成品圖

還挺好看的！

大概就是這樣啦_{有問題的歡迎留言討論}