背景
單細(xì)胞分許需要的其他軟件或R包都通過(guò)conda安裝好了，最后只剩CellPhoneDB了。有了iTALK的經(jīng)驗(yàn)之后，我有了一點(diǎn)信心：報(bào)錯(cuò)不要緊，我一個(gè)一個(gè)解決。
第一步，直接安裝，報(bào)錯(cuò)
按照老師給的命令直接進(jìn)行安裝：
pip install cellphonedb #安裝python包CellPhoneDB
然后就報(bào)錯(cuò)了，如下：
第二步，分析問(wèn)題+試錯(cuò)
報(bào)錯(cuò)信息刷屏了，看不完，一堆關(guān)于hdf5的warning，最后面這一部分還說(shuō)了error：““fatal error：hdf5.h：No such file or directory”，那我就安裝hdf5，先conda找一下有沒(méi)有hdf5，如下：
這個(gè)命令多試了幾次，網(wǎng)絡(luò)通了，找到如下：
然后安裝：
3個(gè)done表示安裝完成，然后我重新運(yùn)行pip install cellphonedb，還是報(bào)錯(cuò)呢，如下：
但hdf5是安裝成功了，因?yàn)槲襥mport了一下，在python里可以進(jìn)去，沒(méi)報(bào)錯(cuò)：
雖然跟上次報(bào)錯(cuò)不太一樣了，但還是有，而且最后還是rolling back uninstall of h5py，我推斷還是跟h5py有關(guān)，多半是什么亂起八糟的依賴(lài)沒(méi)搞定，可惜不能conda庫(kù)里沒(méi)有cellphonedb包，不然conda安裝絕對(duì)是最佳選項(xiàng)，好吧停止幻想，繼續(xù)解決問(wèn)題。
另外，報(bào)錯(cuò)信息刷屏了，看不完，這不利于我檢查到底哪里有錯(cuò)誤，特別是第一次開(kāi)始出現(xiàn)錯(cuò)誤是在哪里啊？最后說(shuō)“check logs for full command output”，那我怎么check啊，我就把結(jié)果輸出到out文件里，去cat里面的error：
都只跟h5py有關(guān)啊。然后上網(wǎng)搜索，有一篇說(shuō)是沒(méi)安裝cython的問(wèn)題：
我的error里沒(méi)有說(shuō)cython的事兒（因?yàn)槲襣rep了整個(gè)日志的嘛），但是我在python里找了一下確實(shí)沒(méi)有cython：
死馬當(dāng)活馬醫(yī)，反正只是多裝一個(gè)cython而已。于是我就在Linux里先conda裝 cython，再conda裝 h5py，最后pip install cellphonedb，竟然一切正常了：
cellphonedb確實(shí)可以用了：
哈哈。
