multiqc可以整合其它軟件的報(bào)告的軟件，能將fastqc生成的多個(gè)報(bào)告整合成一個(gè)報(bào)告的軟件，這樣能方便的查看所有測(cè)序數(shù)據(jù)的質(zhì)量。
MultiQC安裝及運(yùn)行
安裝：
conda install multiqc
運(yùn)行：
multiqc可以自動(dòng)檢測(cè)到文件中可以整合在一起的文件，運(yùn)行也很簡(jiǎn)單。在指定目錄下：
multiqc ./
輸出的一個(gè).hltm格式的文件是multiqc整合的結(jié)果
MultiQC結(jié)果分析
綠色區(qū)間——質(zhì)量很好，橙色區(qū)間——質(zhì)量合理。紅色區(qū)間——質(zhì)量不好。
綠色區(qū)間——質(zhì)量很好；橙色區(qū)間——質(zhì)量合理；紅色區(qū)間——質(zhì)量不好
當(dāng)峰值小于27時(shí)——warning；當(dāng)峰值小于20時(shí)——fail
對(duì)所有reads的每一個(gè)位置，統(tǒng)計(jì)ATCG四種堿基的分布。reads每個(gè)位置的顏色顯示由4種顏色的比例混合而成，哪一個(gè)堿基的比例大，則趨近于這個(gè)堿基所代表的顏色。正常情況下每個(gè)位置每種堿基出現(xiàn)的概率是相近的。
如果ATGC在任何位置的差值大于10%——warning；差值大于20%——fail
正常的樣本的GC含量曲線會(huì)趨近于正態(tài)分布曲線，曲線形狀的偏差往往是由于文庫(kù)的污染或是部分reads構(gòu)成的子集有偏差（overrepresented reads）。
偏離理論分布的reads超過(guò)15%時(shí)——warning；reads超過(guò)30%時(shí)——fail
當(dāng)測(cè)序儀器不能辨別某條reads的某個(gè)位置到底是什么堿基時(shí)，就會(huì)產(chǎn)生“N”，統(tǒng)計(jì)N的比率。正常情況下，N值非常小。
當(dāng)任意位置的N的比例超過(guò)5%——warning；超過(guò)20%——fail
當(dāng)非unique的reads占總數(shù)的比例大于20%時(shí)——warning; 比例大于50%時(shí)——fail
測(cè)序深度越高，越容易產(chǎn)生一定程度的duplication，這是正常的現(xiàn)象，但如果duplication的程度很高，就提示可能有bias的存在
>5%——warning；>10%——fail
以上就是質(zhì)量評(píng)估MultiQC及結(jié)果分析的所有內(nèi)容
參考：https://www.youtube.com/watch?v=qPbIlO_KWN0
?????????? http://www.itdecent.cn/p/85da4dcc6020
