寫在前面

我受夠了！整天有人問，TBtools怎么畫這個(gè)圖

但是我其實(shí)只想回一句：

你畫這個(gè)圖干什么？有什么意義？你想說談什么生物學(xué)故事？

承認(rèn)吧，你什么都不知道，什么都沒搞清楚，就只是單純地想畫這個(gè)圖。你被誤導(dǎo)了，你以為一些培訓(xùn)機(jī)構(gòu)的鬼話，告訴你做個(gè)基因家族就約等于發(fā)文章，但是你卻沒看到他們是否自己有發(fā)表相關(guān)論文的經(jīng)驗(yàn)。你更沒有搞明白，你當(dāng)初選擇走科研這條路，根本就不想象現(xiàn)在一樣，為了生存，灌著水。其實(shí)，哪一個(gè)人不想為科研進(jìn)步，做出一絲絲貢獻(xiàn)。你的選擇沒有錯(cuò)，做基因家族分析方面的工作，也很正確。但是你是否能夠摸著良心，說出我T真的不僅僅是灌水？
當(dāng)前，大量物種基因組序列得到測定，但是幾乎沒有一個(gè)物種能夠保證自己每個(gè)基因的基因結(jié)構(gòu)注釋都是正確，尤其是在基因家族上。簡單的基因結(jié)構(gòu)會(huì)出現(xiàn)問題，串聯(lián)重復(fù)更是會(huì)出現(xiàn)問題！
我自認(rèn)為，任何人做相關(guān)方面工作的朋友，應(yīng)是注意到這點(diǎn)。你要分析一個(gè)物種的某個(gè)基因家族，第一步也是最有實(shí)質(zhì)貢獻(xiàn)的一步，應(yīng)該是矯正基因結(jié)構(gòu)注釋*【具體可以翻看《生信札記》公眾號(hào)推文】。
OK，題外話到此為止。我們進(jìn)入主題。要畫這個(gè)圖，過分簡單。
主要分為幾個(gè)步驟：

1. 物種內(nèi)的共線性分析【請翻公眾號(hào)之前的推文】
2. 已經(jīng)鑒定好的基因家族成員的基因ID【你隨便做下基因家族分析就有了】
3. 物種的染色體序列【這個(gè)你肯定有】

文件如下

基礎(chǔ)

我們將會(huì)使用TBtools很久很久以前就更新的一個(gè)功能Amazing Super Circos。

按照上述工具，我們需要準(zhǔn)備一些文件，第一個(gè)文件是染色體長度文件，使用Fasta Stat

補(bǔ)充

相比于目標(biāo)的圖片，我們還需要一些連線，首先是把所有基因組內(nèi)的共線性畫進(jìn)去
首先，我們將共線性分析結(jié)果，轉(zhuǎn)換成GenePairTable

設(shè)置好輸入文件，點(diǎn)擊Start即可

隨后，我們還要用另外一個(gè)工具，轉(zhuǎn)換這個(gè)信息為LinkedRegion文件

我發(fā)現(xiàn)之前我漏了一個(gè)輸入文件【但是這個(gè)文件你一定是有的】

于是，你完成了第一個(gè)LinkedRegion文件，先看看Circos的效果

你只需要調(diào)整一個(gè)參數(shù)，然后又距離目標(biāo)靠近了一步

image.png

加強(qiáng)

我們需要的是展示W(wǎng)RKY基因家族內(nèi)部參與的復(fù)制事件，所以與WRKY ID相關(guān)的連接線應(yīng)該被高亮出來?；蛘呶覀冎苯友a(bǔ)充一些高亮的線進(jìn)去就可以了
我們直接使用TBtools的文本區(qū)塊提取工具【不是用表格提取工具的原因是...我們是要在整行搜索】

設(shè)置輸入輸出

image.png

保存原來的LinkedRegion文件【這樣，就合并了兩者】，隨后，重現(xiàn)點(diǎn)擊查看Circos圖

調(diào)整線條粗細(xì)就可以了....

還差一些信息...

是的，相比于我們的目標(biāo)，似乎還差一些文本標(biāo)簽... 好的，那就補(bǔ)充。
這會(huì)，我們要用TBtools的表格提取功能

選擇要篩選的列

點(diǎn)擊Start之后，你就得到

細(xì)調(diào)

OK，你畫這個(gè)圖，根本用不到Amazing Super Circos的精髓，但是沒關(guān)系。這里只是說要畫這個(gè)圖

OMG?。?！幾乎是一模一樣....

寫在最后

是的，我這里用的是甜橙的數(shù)據(jù)，你根本就不明白，這些事情很簡單，只是你不會(huì)。你甚至不知道TBtools的圖片是可以交互的。