軟件管理Miniconda
最方便快捷的軟件下載器，相當(dāng)于App store，一鍵安裝。日常生信使用小而精的Miniconda即可??
安裝Miniconda
百度/谷歌搜索“miniconda 清華”
=》進(jìn)入：
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
=〉接下來，查看自己服務(wù)器是多少位的：輸入命令 uname -a
=》安裝python3.6對(duì)應(yīng)的版本
=〉右鍵-復(fù)制下載鏈接
cd ~/biosoft
用wget命令
wget 剛才復(fù)制的下載鏈接
「for Windows」粘貼不是，選中，鼠標(biāo)左鍵點(diǎn)右鍵點(diǎn)
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安裝bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活source ~/.bashrc來激活conda
命令行輸入conda，出現(xiàn)滿屏的信息說明成功了
如果報(bào)錯(cuò)source ~/.bashrc
添加鏡像—
把下面的代碼一行一行復(fù)制到命令行，粘貼、回車
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
官方channel：
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --add channels genomedk
清華源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
騰訊源
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/msys2/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/menpo/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/peterjc123/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.cloud.tencent.com/anaconda/cloud/pytorch/
已添加的channel里查看
vim ~/.condarc
使用Miniconda
查看當(dāng)前所有軟件列表 conda list
搜索軟件 conda search XXX
安裝軟件 conda install XXX -y
卸載軟件 conda remove XXX -y
安裝命令:conda install gatk
which 軟件名”來查看該軟件安裝的位置：which gatk
安裝特定的版本:conda install 軟件名=版本號(hào) conda install gatk=3.7
查看已安裝軟件:conda list
更新指定軟件:conda update gatk
卸載指定軟件:conda remove gatk
環(huán)境“conda environment”。
生信中，需要分析轉(zhuǎn)錄組、基因組組裝、重測序等多個(gè)項(xiàng)目。每一個(gè)項(xiàng)目都需要不同的軟件，另外軟件之間的結(jié)合也是需要版本要求的 分身??！按照項(xiàng)目，定制不同的分身，安裝不同的軟件，互不擾。
查看當(dāng)前conda環(huán)境conda info --envs (前面帶*的就是默認(rèn)的)
退出conda環(huán)境： . ./deactivate
（base）這是conda的基本環(huán)境
conda create -n python2 python=2
-n: 設(shè)置新的環(huán)境的名字
python=2 指定新環(huán)境的python的版本
conda會(huì)創(chuàng)建一個(gè)新的python2的環(huán)境，并且會(huì)很溫馨的提示你只要輸入conda activate python2就可以啟動(dòng)這個(gè)環(huán)境了
退出環(huán)境 conda deactivate
刪除環(huán)境conda remove -n myenv --all
重命名環(huán)境
原理是先克隆一個(gè)原來的環(huán)境，命名成想要的名字，再把原來的環(huán)境刪掉即可
接下來演示把一個(gè)原來叫做py2的環(huán)境重新命名成python2：
conda create -n python2 --clone py2
conda remove -n py2 --all
查看當(dāng)前conda環(huán)境conda info --envs (前面帶*的就是默認(rèn)的)
