背景：目前用于新一代的測序的主要儀器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454，它們都能高通量的測序，產(chǎn)生大量的測序結(jié)果。接下來就要對序列進行拼接，用于拼接的軟件也有很多。這里我們將采用SPAdes和Velvet對同一組數(shù)據(jù)處理并比較。
處理的文件分別為test_7942raw_1.fq.gz和test_7942raw_2.fq.gz
SPAdes組裝
1、由于我的fq文件在Seqs目錄下，所以在test文件名前加上其路徑，且將文件輸出到Seqs目錄中
spades.py --careful --pe1-1 ~/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz --pe1-2 ~/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -o ~/Seqs/SPAdesout_7942_new--注：pe1指第一個pe文庫，pe1-1是指第一個pe文庫的正向，pe1-2是指第一個pe文庫的反向 2、運行成功后，進入Seqs中查看：多了一個SPAdesout_7942_new文件
其中的contigs.fasta文件為quast處理文件
Velvet組裝
velvet的使用分為兩步：第一步是velveth利用數(shù)據(jù)構(gòu)建一個hash表，第二步是velvetg進行序列拼接
1、輸入代碼：（用velveth命令構(gòu)建一個hash表）
velveth velvet_out 31 -shortPaired -fastq -separate test_7942raw_1.fq.gz test_7942raw_2.fq.gz
（注意fq文件的路徑，若文件當(dāng)前目錄下，則可不用輸入路徑）
2、輸入代碼：（用velvetg命令進行組裝）
velvetg velvet_out -exp_cov auto -cov_cutoff auto -very_clean yes
3、就可以看到目錄下生成velvet.out文件
其中的contigs。fa為quast處理文件
QUAST判斷兩個軟件的評價效果
①spades
1、輸入代碼：
quast.py ~/Seqs/SPAdesout_7942/contigs.fasta -o ~/Seqs/SPAdesout_7942/quast_out
結(jié)果顯示在/Seqs/SPAdesout_7942/quast_out/下
2、在linux下打開report文件
less report.txt
②velvet
1、輸入代碼：
quast.py ~/Seqs/velvet_out/contigs.fa -o ~/Seqs/velvet_out/quast_out
輸出結(jié)果在/Seqs/velvet_out/quast_out/下
2、打開report文件
③比較
1、輸入代碼：./表示在當(dāng)前目錄下，使用的文件和輸出都在當(dāng)前目錄下
quast.py -o compare_spa_velvet ./SPAdesout_7942_new/contigs.fasta ./velvet_out/contigs.fa
如圖
3、查看比較結(jié)果，打開report.txt文件。兩個軟件拼接結(jié)果整合在一起
less report.txt
