#install.packages("pheatmap")

library(pheatmap)? ? ? ? #引用包

expFile="uniSigGeneExp.txt"? ? ? ? #32 表達(dá)數(shù)據(jù)文件

geneCluFile="geneCluster.txt"? ? ? #32 基因分型的結(jié)果文件：樣本名稱 基因分型結(jié)果

prgCluFile="PRGcluster.txt"? ? ? ? #24 細(xì)胞焦亡分型的結(jié)果文件：樣本名稱 細(xì)胞焦亡分型結(jié)果

cliFile="clinical.txt"? ? ? ? ? ? #24 臨床數(shù)據(jù)文件 ID AGE GENDER T N

#設(shè)置工作目錄

setwd("D:/※zixue/dead/140prgTME/34.geneHeatmap")

#讀取輸入文件

exp=read.table(expFile, header=T, sep="\t", check.names=F, row.names=1)

prgClu=read.table(prgCluFile, header=T, sep="\t", check.names=F, row.names=1)

geneClu=read.table(geneCluFile, header=T, sep="\t", check.names=F, row.names=1)

#三個(gè)文件取交集，合并數(shù)據(jù)

exp=as.data.frame(t(exp))

sameSample=intersect(row.names(exp), row.names(prgClu))

exp=exp[sameSample,,drop=F]

#三個(gè)文件cbind，列名為geneClu，PRGcluster

expData=cbind(exp, geneCluster=geneClu[sameSample,], PRGcluster=prgClu[sameSample,])

#Project為T(mén)CGA GSE

Project=gsub("(.*?)\\_.*", "\\1", rownames(expData))#TCGA GSE

rownames(expData)=gsub("(.*?)\\_(.*?)", "\\2", rownames(expData))

expData=cbind(expData, Project)

#合并臨床數(shù)據(jù)

cli=read.table(cliFile, header=T, sep="\t", check.names=F, row.names=1)

cli[,"Age"]=ifelse(cli[,"Age"]=="unknow", "unknow", ifelse(cli[,"Age"]>65,">65","<=65"))

sameSample=intersect(row.names(expData), row.names(cli))

expData=expData[sameSample,,drop=F]

cli=cli[sameSample,,drop=F]

data=cbind(expData, cli)

#提取熱圖數(shù)據(jù)

data=data[order(data$geneCluster),]

Type=data[,((ncol(data)-2-ncol(cli)):ncol(data))]

data=t(data[,1:(ncol(expData)-3)])

#聚類顏色

bioCol=c("#0066FF","#FF9900","#FF0000","#6E568C","#7CC767","#223D6C","#D20A13","#FFD121","#088247","#11AA4D")

ann_colors=list()

#PRGcol

PRGcol=bioCol[1:length(levels(factor(Type$PRGcluster)))]

names(PRGcol)=levels(factor(Type$PRGcluster))

ann_colors[["PRGcluster"]]=PRGcol

#GENEcol

GENEcol=bioCol[1:length(levels(factor(Type$geneCluster)))]

names(GENEcol)=levels(factor(Type$geneCluster))

ann_colors[["geneCluster"]]=GENEcol

#熱圖可視化

pdf("heatmap.pdf", height=6, width=8)

pheatmap(data,

? ? ? ? #注釋文件

? ? ? ? annotation=Type,

? ? ? ? annotation_colors = ann_colors,#注釋顏色

? ? ? ? #熱圖顏色，低表達(dá)藍(lán)色，高表達(dá)紅色 c(rep("blue",5), "white", rep("red",5))

? ? ? ? color = colorRampPalette(c(rep("#56B1F7",5), "white", rep("pink",5)))(50),

? ? ? ? cluster_cols =F,#對(duì)列不聚類

? ? ? ? cluster_rows =F,#對(duì)行不聚類

? ? ? ? scale="row",#對(duì)行校正

? ? ? ? show_colnames=F,#顯示列名稱

? ? ? ? show_rownames=F,#顯示行名稱

? ? ? ? #字體大小

? ? ? ? fontsize=6,

? ? ? ? fontsize_row=2,

? ? ? ? fontsize_col=6)

dev.off()