? ? ? ? 轉(zhuǎn)錄因子也稱反式作用因子，在動(dòng)植物的生長(zhǎng)發(fā)育及其對(duì)外界環(huán)境的反應(yīng)中起著重要的調(diào)控作用，已成為現(xiàn)在生物學(xué)研究領(lǐng)域的熱點(diǎn)，其功能分析是重要的研究?jī)?nèi)容之一。因此我們可以通過轉(zhuǎn)錄因子注釋，或者可通過表達(dá)量聚類分析，篩選出關(guān)注生物學(xué)問題過程中起主要調(diào)控作用的一些轉(zhuǎn)錄因子。并且可以結(jié)合WGCNA鑒定的基因模塊，篩選關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子在基因模塊中是否為hub gene，并通過預(yù)測(cè)轉(zhuǎn)錄因子的靶基因（MEME），篩選出基因模塊中的靶基因，建立以轉(zhuǎn)錄因子為hub gene的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。
? ? ? ?本篇文章給大家推薦2個(gè)網(wǎng)站，用于對(duì)動(dòng)物、植物轉(zhuǎn)錄組因子（TF）、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TFBS）的預(yù)測(cè)。簡(jiǎn)單易學(xué)，任何你感興趣的基因集，都可以用來(lái)預(yù)測(cè) TF，也可以去預(yù)測(cè)它們的 TFBS。
? ? ? ?什么是TF、TFBS？?轉(zhuǎn)錄因子（Transcription factor，TF）是在轉(zhuǎn)錄水平上參與基因表達(dá)調(diào)控的蛋白質(zhì)。它們通過特異性的 DNA 結(jié)合結(jié)構(gòu)域（DNA-binding domain，DBD）與 DNA 相互作用，根據(jù) DBD 的結(jié)構(gòu)特征可將轉(zhuǎn)錄因子分成不同的家族。與轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合的 DNA 序列位點(diǎn)被稱為轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)（TFBS），TFBS 通常很短（6-20bp），并表現(xiàn)出一定的序列變異性。TFBS 的鑒定是理解轉(zhuǎn)錄調(diào)控的關(guān)鍵。
1-動(dòng)物篇
? ? ? ?可使用數(shù)據(jù)庫(kù) AnimalTFDB(3.0)對(duì)動(dòng)物轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行分析，數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接如下：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/AnimalTFDB/#!/
? ? ? ?進(jìn)入后，根據(jù)需求點(diǎn)擊工具欄對(duì)應(yīng)的位置，進(jìn)入分析頁(yè)面。
1.1 TF預(yù)測(cè)
? ? ? ?點(diǎn)擊導(dǎo)航欄的Predict TF按鈕，即可打開TF預(yù)測(cè)頁(yè)面。輸入需要進(jìn)行TF預(yù)測(cè)的蛋白序列文件（FASTA格式），點(diǎn)擊submit，即可運(yùn)行分析，分析結(jié)果可點(diǎn)擊下載按鈕進(jìn)行下載。此處分析結(jié)果主要判斷哪些基因可能是轉(zhuǎn)錄因子，整體運(yùn)行時(shí)間較長(zhǎng)。
1.2 TFBS預(yù)測(cè)
點(diǎn)擊導(dǎo)航欄的Predict TFBS按鈕，即可打開預(yù)測(cè)頁(yè)面。輸入需要進(jìn)行TF預(yù)測(cè)的序列（基因序列，fasta格式）文件，點(diǎn)擊submit，即可運(yùn)行分析。運(yùn)行結(jié)束后，右側(cè)結(jié)果欄展示分析結(jié)果，可點(diǎn)擊右下角Download下載結(jié)果。
2-植物篇
? ? ? ?可使用數(shù)據(jù)庫(kù) PlantTFDB(5.0)對(duì)植物轉(zhuǎn)錄因子進(jìn)行分析，數(shù)據(jù)庫(kù)鏈接如下：http://plantregmap.gao-lab.org/index.php
? ? ? ?進(jìn)入頁(yè)面后，根據(jù)需求點(diǎn)擊工具欄對(duì)應(yīng)的位置，進(jìn)入需求頁(yè)面。
2.1 TF預(yù)測(cè)
2.2 TFBS預(yù)測(cè)
? ? ? ?PlantTFDB 數(shù)據(jù)庫(kù)功能相對(duì)更齊全，除了可以進(jìn)行TF、TFBS預(yù)測(cè)外，還具有Regulation prediction、GO enrichment、TF enrichment等功能，大家可以進(jìn)入對(duì)應(yīng)頁(yè)面進(jìn)行在線分析。?
