染色質(zhì)折疊引起結(jié)構(gòu)元件，其中是密集相互作用的 DNA 區(qū)域簇稱(chēng)為拓?fù)渚喓辖Y(jié)構(gòu)域(TADs)。TADs 的特征跨越了多種物種、組織類(lèi)型和分化階段，有時(shí)與生物功能的調(diào)節(jié)有關(guān)。這些發(fā)現(xiàn)的可靠性和重復(fù)性與通過(guò)高通量染色質(zhì)構(gòu)象捕獲(Hi-C)實(shí)驗(yàn)正確鑒定這些結(jié)構(gòu)域密切相關(guān)。
在這里，我們測(cè)試和比較22個(gè)計(jì)算方法，以識(shí)別在20個(gè)不同條件下的 TADs。我們發(fā)現(xiàn)，TAD 的大小和數(shù)量在調(diào)用者和數(shù)據(jù)分辨率之間存在顯著差異，這對(duì)平均 TAD 大小的定義提出了挑戰(zhàn)，但強(qiáng)化了 TADs 是層次化組織的域而不是不相交的結(jié)構(gòu)元素的假設(shè)。這些方法的性能基于數(shù)據(jù)分辨率和規(guī)范化策略不同，但是一組核心 TAD 調(diào)用方始終檢索可重復(fù)的域，即使在較低的測(cè)序深度，這些域豐富了 TAD 相關(guān)的生物特征。
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