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1、創(chuàng)建并登陸一個(gè)easyGWAS帳戶；

2、一個(gè)物種和一個(gè)數(shù)據(jù)集，以及一個(gè)基因注釋集（可選）。例如：選擇物種擬南芥、數(shù)據(jù)集AtPolyDB（調(diào)用方法 75，Horton 等人）和基因注釋集基因注釋 (TAIR9)；

3、選擇一個(gè)表型，總共可以選擇 5 種表型，在本教程中，我們通過(guò)鍵入名稱來(lái)選擇兩種表型LD和LDV；

4、表型分布的直方圖和 Shapiro-Wilk 檢驗(yàn)的 p 值，Shapiro-Wilk 檢驗(yàn)檢驗(yàn)數(shù)據(jù)來(lái)自正態(tài)分布的原假設(shè)，Log10轉(zhuǎn)換

5、可以在實(shí)驗(yàn)中添加協(xié)變量或主成分。但是，此步驟是可選的，在本教程中，我們通過(guò)單擊“繼續(xù)”來(lái)跳過(guò)它。

6、可以選擇所有可用的 SNP 進(jìn)行分析，也可以選擇一組染色體；

7、必須選擇要用于分析的算法和過(guò)濾器。首先，我們選擇10% 的次要等位基因頻率過(guò)濾器。接下來(lái)，我們?yōu)槊總€(gè)表型選擇算法EMMAX并單擊繼續(xù)；

8、可以通過(guò)單擊Submit GWAS將 GWAS 提交到計(jì)算服務(wù)器。

9、計(jì)算完成后我們將通過(guò)電子郵件收到通知。

上傳的文件格式

存儲(chǔ)基因型數(shù)據(jù)需要兩個(gè)文件：PED 和 MAP 文件。

PED 文件開(kāi)頭有 6 個(gè)固定列，后跟 SNP 信息。各列應(yīng)由空格或制表符分隔。前六列包含以下信息：

家庭 ID（如果未知，請(qǐng)使用與第二列中的樣本 ID 相同的 ID）

樣品編號(hào)

父親 ID（如果未知，請(qǐng)使用 0）

母親 ID（如果未知，請(qǐng)使用 0）

性別（如果未知?jiǎng)t使用 0）

未使用，設(shè)置為0

其余列：SNP

MAP 文件包含有關(guān)每個(gè) SNP 的信息。每一行對(duì)應(yīng) PED 文件中的一個(gè) SNP；SNP 的順序必須與 PED 文件中的順序相同，即 MAP 文件中的行順序必須與 PED 文件中的列匹配（從第 7 列開(kāi)始）

MAP 文件必須恰好有四列，其中包含以下信息（各列應(yīng)以空格或制表符分隔）：

染色體 ID（例如 Chr1 代表染色體 1）

唯一的 SNP 標(biāo)識(shí)符

基因組距離（如果未知?jiǎng)t使用 0）

單核苷酸多態(tài)性 (SNP) 位置

R語(yǔ)言跑GWAS

https://www.r-bloggers.com/2017/10/genome-wide-association-studies-in-r/