DNA甲基化作為表觀遺傳的一種標記,在生長發(fā)育和疾病發(fā)生過程中扮演著重要角色。隨著大規(guī)模甲基化研究的進行,積累了大量疾病相關的甲基化數據,DiseaseMeth就是一個保存了人類疾病相關的甲基化信息的數據庫。
官網地址如下
http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/diseasemeth/
在DiseaseMeth數據庫中,甲基化數據的類型包括兩大類別
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芯片
對于DNA甲基化芯片,除了
27K和450K這兩種常見的illuminaDNA甲基化芯片,還有其他定制的芯片,比如illumina GoldenGate Methylation Cancer Panel I。 -
NGS
高通量測序主要就是包含
WGBS和RRBS兩種數據。
詳細的信息如下:
Array-based主要包括了27K和450K,其中27K為8.6, 450K為9.3;NGS-based主要包括了WGBS和RRBS,WGBS為3.9,RRBS為4.3。
對于疾病,包含下列7種類型:
Cancer
Genetic Disorder
Metabolic Disorder
Autoimmune Disease
Neurolobical Disease
Imflammation
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Others
其中Cancer類型的數據最多,詳細信息如下:
利用這個數據庫,我們可以根據疾病或者基因檢索相關信息。以基因DEFB119為例,該基因相關疾病的檢索結果如下
從檢索結果中,我們可以得到該基因相關的疾病,以及在該疾病中,這個基因的甲基化水平是上升還是降低。
對于相關疾病,還有熱圖數據可以下載
通過這個數據庫,我們可以檢索已有的對于某種疾病或者某個基因甲基化的研究結果。