相信大家對Y叔的clusterprofiler這個R包并不陌生，一般做基因富集分析的時候都會用到這個R包。這個包非常實用，并且畫出來的圖也很不錯。

其實小編前面已經(jīng)花了不少篇幅給大家介紹過如何使用這個R包做GO富集分析和結(jié)果可視化，以及如何將富集結(jié)果中的gene ID轉(zhuǎn)成基因名字

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?GO和KEGG富集結(jié)果如何顯示基因symbol

還有計算富集倍數(shù)的三種方法

?GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計算

對于沒有太多基礎(chǔ)的小伙伴，小編還特地錄制了視頻進行了詳細的講解

?GO簡介及GO富集結(jié)果解讀

?四種GO富集柱形圖、氣泡圖解讀

當(dāng)然使用clusterprofiler這個R包也可以進行KEGG富集分析

?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

當(dāng)然小編也將以上所有內(nèi)容整理成了一個系統(tǒng)的線上課程

?GO和KEGG富集分析線上課程

我們知道一般做富集分析，都需要有一個注釋數(shù)據(jù)庫。里面存放了對每個基因的注釋信息，告訴我們這個基因?qū)儆谀且粭lKEGG通過，參與到那些生物學(xué)過程（BP），有那些生物學(xué)功能（MF）以及屬于哪一種細胞成分（CC）。一般我們對人這個物種中的基因做富集分析的時候，都會用到org.Hs.eg.db這個注釋數(shù)據(jù)庫，Hs代表的是human。小編也討論過如何安裝這個注釋數(shù)據(jù)庫。?加載R包org.Hs.eg.db出錯，避坑指南！

library(org.Hs.eg.db)
library(clusterProfiler)
ego <- enrichGO(gene = DEG,
                OrgDb=org.Hs.eg.db,
                ont = "all",
                pAdjustMethod = "BH",
                minGSSize = 10,
                pvalueCutoff = 0.01,
                qvalueCutoff = 0.01,
                keyType='ENSEMBL')

那么問題來了，對于其他的物種，如小鼠，大鼠，線蟲等等，其他物種的注釋文件該如何獲取呢？

可以從下面這個網(wǎng)頁中查找，每一行代表一個物種的注釋文件。

http://bioconductor.org/packages/release/BiocViews.html#___OrgDb

在做分析的時候我們只需要將代碼中的org.Hs.eg.db更換成相應(yīng)的物種的注釋文件就可以了，例如我們換成小鼠的

library(org.Mm.eg.db)
library(clusterProfiler)
ego <- enrichGO(gene = DEG,
                OrgDb=org.Mm.eg.db,
                ont = "all",
                pAdjustMethod = "BH",
                minGSSize = 10,
                pvalueCutoff = 0.01,
                qvalueCutoff = 0.01,
                keyType='ENSEMBL')

參考資料：

?GO富集分析四種風(fēng)格展示結(jié)果—柱形圖，氣泡圖

?GO和KEGG富集結(jié)果如何顯示基因symbol

?GO和KEGG富集倍數(shù)（Fold Enrichment）如何計算

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?KEGG富集分析—柱形圖，氣泡圖，通路圖

?GO和KEGG富集分析線上課程

?加載R包org.Hs.eg.db出錯，避坑指南！

?【R語言】clusterProfilerf富集分析，物種注釋數(shù)據(jù)庫