今天查看密碼子表格時發(fā)現(xiàn)起始密碼子是AUG，但我經(jīng)?？吹降腸ds序列起始密碼子是ATG，這兩個哪種正確呢？感覺時間太久了，有些概念記不清了，今天來總結(jié)復習一下codon，cds，mRNA之間的關(guān)聯(lián)。
要了解codon，cds，mRNA，sense strand，ATG，AUG之間的關(guān)系，要先了解DNA組成鏈和轉(zhuǎn)錄的關(guān)系
DNA組成鏈和轉(zhuǎn)錄的關(guān)系
如圖所示，DNA一般共有2條鏈，被稱為雙鏈DNA(dsDNA)。轉(zhuǎn)錄時DNA的1條鏈被選為轉(zhuǎn)錄模版，這條鏈被稱為轉(zhuǎn)錄鏈，模版鏈，非編碼鏈或者反義鏈，英文名稱是 antisense strand。反義鏈轉(zhuǎn)錄為mRNA，進行下一步的翻譯。mRNA中含有密碼子(codon)。
另一條沒有被轉(zhuǎn)錄的鏈被稱為正義鏈，編碼鏈，非轉(zhuǎn)錄鏈，非模版鏈，英文名稱是sense strand。這條鏈和mRNA的堿基序列一致，區(qū)別就是，mRNA中沒有T(胸腺嘧啶)，只有U(尿嘧啶)。這也是密碼子中ATG或者AUG都可以翻譯成甲硫胺酸的原因。正義鏈中也具有密碼子。
為了更便于理解正義鏈和反義鏈的區(qū)別，總結(jié)兩者主要區(qū)別如下：
正義鏈和反義鏈的區(qū)別
1.正義鏈是編碼鏈，而反義鏈是非編碼鏈。
2.正義鏈類似于RNA，只是DNA中的胸腺嘧啶對應(yīng)RNA中的尿嘧啶，其他堿基保持一致。另一方面，反義鏈充當RNA合成的模板。
3.正義鏈具有密碼子，反義鏈中沒有密碼子。
4.正義鏈將不具有mRNA的相關(guān)序列，反義鏈卻具有。
到這里我們知道了mRNA是和DNA正義鏈序列一致的，只不過mRNA里面沒有T，替換為了U。
接下來了解CDS序列，需要先知道DNA的分區(qū)以及具體轉(zhuǎn)錄過程。
DNA的分區(qū)以及具體轉(zhuǎn)錄過程
DNA可以分為編碼區(qū)和非編碼區(qū)。編碼區(qū)由外顯子和內(nèi)含子組成。DNA的編碼區(qū)經(jīng)過轉(zhuǎn)錄，生成了hNRNA，也稱為不均一核RNA。hnRNA又分為外顯子轉(zhuǎn)錄區(qū)域和內(nèi)含子轉(zhuǎn)錄區(qū)域，經(jīng)過剪切這一步，內(nèi)含子轉(zhuǎn)錄區(qū)域被刪掉，只剩下內(nèi)含子轉(zhuǎn)錄區(qū)域被拼接到一起，星辰了mRNA。mRNA又分為cds，一段編碼蛋白質(zhì)的序列，以及UTR，即非翻譯區(qū)，不能編碼蛋白質(zhì)的序列。
總結(jié)來說，NCBI中的cds序列就是mRNA序列中的可編碼區(qū)域，只不過為了保證數(shù)據(jù)的統(tǒng)一性，為了下游的方便分析處理，mRNA的序列還是用T來表示U。所以密碼子表中的AUG沒有錯，cds序列中的ATG也沒有錯。
